本发明公开了一种鉴别贵州黑山羊和乐至黑山羊的分子标记、检测方法及应用,属于分子检测技术领域。本发明公开的分子标记,其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,且SEQ ID NO:1所示序列的第97位为G,第232位为C时,则为贵州黑山羊;第97位为T,第232位为T时,则为乐至黑山羊。本发明通过分析INHBB基因在贵州黑山羊和乐至黑山羊中的基因差异,发现能够用于鉴别两个品种的多态性位点,并且基于该多态性位点通过所设计的引物对,实现对贵州黑山羊和乐至黑山羊的精准区别和鉴定,这为利用分子手段进行地方品种山羊纯种繁殖与选育具有重要的意义