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[发明专利]一种gtf文件解析方法及工具-CN201910198991.1有效
发明人：简洁;王智健;姜丽荣;孙子奎 -专利权人：南京派森诺基因科技有限公司
申请日： 2019-03-15 - 公布日： 2023-07-25 - 主分类号： G16B50/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种gtf文件解析方法，其特征在于，包括如下步骤：初始化步骤，基因/转录本/基本结构读取步骤，基因/转录本分解步骤，基因/转录本/基本结构解析步骤。本发明还公开了一种gtf文件解析工具。本发明的有益效果在于：以基因或转录本为单位：本模块可以以基因或转录本为单位对gtf文件进行解析，将基因或转录本的子结构添加到解析结果的子节点中，使用者能对整个基因或转录本进行操作，更能满足生物信息分析的需求占用内存少：先读取完一个基因/转录本所有行再解析，处理完这个基因/转录本后相应的内存就会被释放，不需要占用很多内存空间。功能丰富：可根据基因/转录本ID或name进行查找，多条件筛选基因/转录本/基本结构，根据子结构获得基因所在位置，获得基因外显子覆盖长度等功能。
一种 gtf 文件解析方法工具

[发明专利]一种转录因子活性计算方法、存储器及电子设备-CN202310618765.0有效
发明人：季序我;赵义;彭鑫鑫;李哲 -专利权人：普瑞基准生物医药（苏州）有限公司;普瑞基准科技（北京）有限公司;北京普康瑞仁医学检验所有限公司
申请日： 2023-05-29 - 公布日： 2023-10-03 - 主分类号： G16B15/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种转录因子活性计算方法、存储器及电子设备，属于生物信息技术领域。方法包括：在各个细胞类群中计算转录因子基因表达值和非转录因子基因表达值的互信息；根据互信息的大小和互信息的统计显著性筛选转录因子的靶标基因；根据转录因子基因表达值和靶标基因表达值的相关性筛选正向调控靶标基因和负向调控靶标基因；计算正向调控靶标基因表达值、负向调控靶标基因表达值与转录因子基因表达值的平均互信息，并将该平均互信息作为转录因子的活性。本发明基于细胞类群的基因表达信息计算转录因子活性，还基于统计学方法对转录因子潜在的靶标基因进行筛选，同时考虑正向调控和负向调控的靶标基因，提高了转录因子活性计算的准确度。
一种转录因子活性计算方法存储器电子设备

[发明专利]检测HIV-1病毒核苷类抑制剂耐药突变方法及试剂盒-CN201310088827.8有效
发明人：张琼;李兰娟;项春生;吴南屏 -专利权人：浙江大学
申请日： 2013-03-19 - 公布日： 2013-07-24 - 主分类号： C12Q1/70 文献下载
摘要：具体而言，本发明公开了检测人类免疫缺陷病毒核苷类逆转录酶抑制剂耐药突变的特异性探针，包括检测逆转录酶基因M41L突变的探针、检测逆转录酶基因A62V突变的探针、检测逆转录酶基因K65R突变的探针、检测逆转录酶基因D67N突变的探针、检测逆转录酶基因69INS插入突变的探针、检测逆转录酶基因K70R突变的探针、检测逆转录酶基因L74V突变的探针、检测逆转录酶基因V75I突变的探针、检测逆转录酶基因F77L突变的探针、检测逆转录酶基因Y115F突变的探针、检测逆转录酶基因F116Y突变的探针等等。
检测 hiv 病毒核苷抑制剂耐药突变方法试剂盒

[发明专利]前列腺癌细胞LNCaP的FASN基因长短不同转录本的获取及定量方法-CN201910691938.5在审
发明人：赵卉;孙伟杰;张亚平 -专利权人：云南大学
申请日： 2019-07-30 - 公布日： 2019-10-22 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明公开前列腺癌细胞LNCaP的FASN基因长短不同转录本的获取和定量方法，使用3’RACE试剂盒对前列腺癌细胞LNCaP的RNA进行反转录，接下来采用套式PCR上游特异性引物和下游通用引物，通过3’RACE实验获取LNCaP细胞中FASN基因长转录本和短转录本；使用PrimeScript RT reagent Kit with gDNA Eraser(Perfect Real Time)试剂盒对前列腺癌细胞LNCaP的RNA进行反转录，使用FASN基因长转录本和FASN基因短转录本的两对特异性引物进行qPCR实验，定量FASN基因长转录本和短转录本；本发明首次发现FASN基因有多个转录本存在的现象，同时通过新的qPCR引物特异性地定量FASN基因长转录本和短转录本。
转录本基因前列腺癌细胞特异性引物反转录试剂盒下游通用引物套式PCR 引物上游发现

[发明专利]一种真核生物泛转录组注释方法-CN202111671919.X在审
发明人：李志刚;缪卫国;纪晓贝 -专利权人：海南大学
申请日： 2021-12-31 - 公布日： 2022-04-19 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明提供一种真核生物泛转录组注释方法，包括以下步骤：将3个以上不同来源的真核物种样品转录组数据比对到参考基因组上，获得相应的基因结构注释信息，整合，得到依赖参考基因组的转录组注释结果；将样品转录组数据进行拼接组装，获得相应的成熟转录本序列信息，将成熟转录本序列信息比对参考基因组，获得相应的基因结构信息，得到不依赖参考基因组的转录组注释结果；整合结构转录本注释信息，过滤无法比对参考基因组的转录本，得新的转录本注释信息；整合样品高通量转录组数据，可获得目标真核物种的泛转录组注释信息。本发明可获得真核生物更加完整的转录组注释结构，采用不同策略相互辅证，极大地提高了注释准确率。
一种生物转录注释方法

[发明专利]使用局部独特特征来解释RNA测序数据的转录本表达水平的系统和方法-CN201980025788.2在审
发明人：吴捷;张贻谦 -专利权人：皇家飞利浦有限公司
申请日： 2019-03-13 - 公布日： 2020-12-04 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：一种用于表征基因转录本表达水平的方法(100)，包括：(i)从多个基因转录本中的每个基因转录本提取(110)一个或多个独特特征；(ii)将提取的独特特征存储(120)在独特特征数据库中；(iii)接收(130)从基因转录本测序的多个序列，其中，所述序列中的至少一些包含一个或多个所提取的独特特征；(iv)由处理器(140)将所述多个序列与存储在所述独特特征数据库中的所提取的独特特征进行比较；(v)基于序列与提取的独特特征之间的匹配，识别(150)如下的基因转录本和/或基因：所述序列根据所述基因转录本而生成和/或基因；并且(vi)基于所述识别出的基因转录本，汇编(160)关于基因转录本表达水平的信息。
使用局部独特特征解释 rna 序数转录表达水平系统方法

[发明专利]一种调控基因表达的方法-CN201810499834.X在审
发明人：陈鲤群;刘国娟;林峻;蔡伟文 -专利权人：福州大学
申请日： 2018-05-23 - 公布日： 2018-10-12 - 主分类号： C12N15/85 文献下载
摘要：本发明提供一种调控基因表达的方法，包括：确定靶基因以及该靶基因的转录因子结合位点；设计一具有与该转录因子结合位点相同序列的寡聚核苷酸探针；将该寡聚核苷酸探针导入含该靶基因的系统中进行基因表达，在该基因表达过程中，该寡聚核苷酸探针通过对该靶基因转录因子结合位点的竞争性干扰从而调控靶基因表达。本发明基于转录因子能够与DNA序列特异性结合调控基因表达的转录和起始的理论为基础，实验设计一段与转录因子结合位点序列相同的寡聚脱氧核苷酸双链为竞争性探针。该探针由于与细胞内染色体上转录因子结合位点序列相同，则探针和细胞内原有转录因子结合位点产生竞争性结合细胞内转录因子，影响基因的转录即调控基因表达。
转录因子结合位点调控基因表达靶基因寡聚核苷酸探针转录转录因子探针寡聚脱氧核苷酸基因表达过程细胞内染色体靶基因表达竞争性结合竞争性探针特异性结合细胞基因表达实验设计影响基因双链调控

[发明专利]一种转录因子下游基因筛选方法-CN202311017631.X在审
发明人：周晓今;陈茹梅;李素贞;朱佳梦;马帅;杨文竹;柳小庆 -专利权人：中国农业科学院生物技术研究所
申请日： 2023-08-14 - 公布日： 2023-09-15 - 主分类号： C12N15/29 文献下载
摘要：本发明公开了一种转录因子下游基因筛选方法（PER‑seq）。该方法首先制备原生质体，然后将转录因子‑报告基因及空载报告基因分别在原生质体中瞬时表达，最后收集转化成功的细胞，进行转录组测序，分析差异表达基因，筛选目标转录因子的下游靶基因。本发明建立了一种简单快速、高效广适，且不依赖于突变体或过表达转基因株系的转录因子下游调控基因挖掘方法，为解析植物转录调控机制提供了技术支撑。
一种转录因子下游基因筛选方法

[发明专利]靶标试验药物的筛选方法、靶标试验药物筛选器-CN202110642856.9有效
发明人：陈俭海 -专利权人：四川大学华西医院
申请日： 2021-06-09 - 公布日： 2023-06-30 - 主分类号： G16B15/30 文献下载
摘要：本申请涉及一种靶标试验药物的筛选方法、靶标试验药物筛选器，靶标试验药物的筛选方法包括：获取目标病毒的转录组数据，标记全基因组中的转录功能区域；基于转录组数据和转录功能区域，从全基因组中筛选出目标转录本；目标转录本包括人类基因组与病毒嵌合的转录本；根据人类基因组与病毒嵌合的转录本确定候选基因和对应的靶标药物信息；基于人类RNA‑seq的表达组织和器官，以及目标病发组织，从候选基因和对应的靶标药物信息中确定出目标靶向基因药物列表如此，利用RNA病毒可能与宿主基因产生嵌合的特点，通过准确筛查病毒与宿主基因的嵌合转录本，就可以实现对靶标试验药物的筛选，流程简单，耗时较短，能够有效提高筛选效率。
靶标试验药物筛选方法

[发明专利]小麦TaDEP1基因转录增强顺式作用元件的鉴定及其分子标记和应用-CN202010190191.8有效
发明人：刘磊;赵祥祥;赵红桃;张国芳;裔新;刘福霞 -专利权人：淮阴师范学院
申请日： 2020-03-18 - 公布日： 2023-05-12 - 主分类号： C12Q1/6895 文献下载
摘要：本发明公开了一种小麦TaDEP1基因转录增强顺式作用元件的鉴定及其分子标记和应用，本发明提供了如SEQ ID No.2所示的小麦TaDEP1基因转录增强顺式作用元件，以及用于鉴定TaDEP1基因转录水平的分子标记利用该转录增强元件能够提高小麦基因转录水平，可用于基因工程遗传改良目的基因转录水平；利用该标记能够方便、快速、准确地鉴定小麦TaDEP1基因转录水平，可用于分子标记辅助育种。
小麦 tadep1 基因转录增强顺式作用元件鉴定及其分子标记应用

[发明专利]一种基于转录组的准确高效的真核生物基因鉴定方法-CN201810675404.9在审
发明人：李志琼;汪斌;陈虎;齐锦雯;陈德芳;唐妮;王书瑶;田正志;吴源冰;王美;徐少奇 -专利权人：四川农业大学
申请日： 2018-06-27 - 公布日： 2018-11-06 - 主分类号： C12Q1/6888 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于转录组的准确高效的真核生物基因鉴定方法，包括如下工艺步骤：拟鉴定基因表达预测；拟鉴定基因高表达样品的采集和RNA提取与反转录；转录组测序；转录组数据分析与存储；转录组数据的调取；基因鉴定引物的设计与基因鉴定具体是通过近缘物种的研究报告分析，测定待鉴定基因表达丰富样本的转录组，再在转录组中筛选待鉴定基因的目的序列，并以此为基础进行基因的鉴定克隆，得到准确的基因序列。本技术手段适用于大多数真核生物的功能基因鉴定，十分准确，满足了研究过程功能基因鉴定的研究需求。本发明设计合理，使用简单，成本相对较低，适合推广使用。
转录组鉴定基因真核生物基因基因鉴定基因鉴定引物报告分析工艺步骤功能基因过程功能基因序列技术手段近缘物种数据分析真核生物反转录高表达测序调取研究样本存储克隆采集筛选基因预测

[发明专利]一种基于Spark Streaming的转录因子结合位点识别发现方法及装置-CN202011230684.6在审
发明人：李安亚 -专利权人：西安奥卡云数据科技有限公司
申请日： 2020-11-06 - 公布日： 2021-02-09 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于Spark Streaming的转录因子结合位点识别发现方法和装置，根据转录因子结合位点的长度在转录因子中提取第一基因片段，根据每个第一基因片段确定其对应的候选基因片段集；将基因序列群分割为多个比较组；将每个第二基因片段与每个单位基因序列同时进行比较，当每个单位基因序列均具有第三基因片段时，根据第二基因片段确定转录因子的预测结合位点；遍历候选基因片段集，生成转录因子的结合位点集；本发明通过将基因序列群分为多个比较组，且结合Spark Streaming理论，同时将每个比较组中的每个单位基因序列与根据转录因子确定的第二基因片段进行比较，可以有效地提升整个方法的执行效率，减少转录因子结合位点识别过程中所消耗的时间。
一种基于 spark streaming 转录因子结合识别发现方法装置

[发明专利]一种分析细胞命运转换关键转录因子的方法及系统-CN202110086884.7有效
发明人：覃静;胡耀华 -专利权人：中山大学;深圳大学
申请日： 2021-01-22 - 公布日： 2023-10-03 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种分析细胞命运转换关键转录因子的方法及系统，方法包括对细胞进行转录组测定得到基因表达谱并进行比对，得到差异基因；对细胞进行扰动并进行转录组测定得到基因表达谱矩阵；从基因表达谱矩阵中提取转录因子表达谱生成第一矩阵；从基因表达谱矩阵中提取差异基因表达谱生成第二矩阵；根据转录因子结合位点信息生成第三矩阵；得到正则化模型并计算得到关键转录因子预测结果。本发明通过与目标细胞相关的转录因子信息、差异基因信息及转录因子结合位点信息构建正则化模型，并通过正则化模型对影响细胞命运转换的关键转录因子进行预测，相较于现有技术可以有效提高对关键转录因子的预测准确度。
一种分析细胞命运转换关键转录因子方法系统

[发明专利]拟南芥转录因子基因BP在调控植物种子萌发中的应用-CN201510687717.2有效
发明人：刘勋成;辜大川;赵明磊 -专利权人：中国科学院华南植物园
申请日： 2015-10-21 - 公布日： 2018-10-23 - 主分类号： C12N15/29 文献下载
摘要：本发明公开了拟南芥转录因子基因BP在调控植物种子萌发中的应用。本发明的拟南芥转录因子基因BP编码的转录因子BP是Ⅰ类KNOX亚家族的成员，其作为正调控因子参与了PHYB介导的光起始种子萌发过程。转录因子基因BP的T‑DNA插入突变体bp‑1和bp‑9抑制种子萌发，而超表达转录因子基因BP后种子萌发率显著提高，表明转录因子基因BP在调控种子萌发过程中起重要作用。本发明揭示了转录因子BP调控PHYB依赖调控种子萌发的机制，提供了转录因子基因BP在植物品种改良中的应用方向，对于培育高萌发率的转基因植物具有重要价值。
拟南芥转录因子基因 bp 调控植物种子萌发中的应用

[发明专利]一种构建植物转录因子对靶基因遗传调控网络的方法-CN202010690681.4有效
发明人：张德强;权明洋;肖亮;卢文杰 -专利权人：北京林业大学
申请日： 2020-07-17 - 公布日： 2023-06-16 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明涉及一种构建植物转录因子对靶基因遗传调控网络的方法，属于分子遗传学技术领域。获得植物待测转录因子在群体中每一个体的SNP基因型数据、植物待测转录因子在群体中每一个体的特定组织的表达量数据和植物待测候选靶基因在群体中每一个体的相同组织的表达量数据后；确定与候选靶基因表达量显著关联的SNP；确定与待测转录因子表达量高度相关的候选靶基因；当同时满足确定条件时，表明待测转录因子调控了候选靶基因表达，可依此构建转录因子对靶基因的遗传调控网络。本发明所述方法可高通量、精准鉴定植物转录因子与下游靶基因的调控关系，构建转录因子对靶基因的遗传调控网络。
一种构建植物转录因子基因遗传调控网络方法

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