[发明专利]一种药用植物共生微生物鉴定方法及其应用在审
| 申请号： | 201911075058.1 | 申请日： | 2019-11-06 |
| 公开（公告）号： | CN110734989A | 公开（公告）日： | 2020-01-31 |
| 发明（设计）人： | 宁康;白虹;高溪;陈超云;钟朝芳;程铭悦;谭重阳 | 申请（专利权）人： | 华中科技大学鄂州工业技术研究院;华中科技大学 |
| 主分类号： | C12Q1/689 | 分类号： | C12Q1/689;C12Q1/6869;C12Q1/6895;G16B30/00;G16B45/00 |
| 代理公司： | 33231 杭州宇信知识产权代理事务所(普通合伙) | 代理人： | 张宇娟 |
| 地址： | 436044 湖北*** | 国省代码： | 湖北;42 |
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| 摘要： | 本发明属于药用植物的生物信息学研究技术领域，特别涉及一种基于高通量测序，针对微生物16S rRNA基因的V3、V4区的生物信息学分析鉴定方法，包括如下步骤：采集样本，进行预处理操作；采用高通量测序的方法，获取样本中微生物16S rRNA基因的V3、V4区序列双链测序数据；借助FastQC软件筛选合格数据；借助Mothur软件对总链文件进行质控处理得到质控文件；借助Qiime软件对质控文件进行分析；借助R软件和LEfSe软件绘制可视化结果分析图表；对比结果，鉴别样本微生物。该方法通过可以快速鉴别样本微生物，从而可以进行中药材种植方式的鉴定和中药材具体作用机制的探究，进而为最大程度利用中药材的药效提供了可能，具有鉴别周期短、结果准确性高等特点。 | ||
| 搜索关键词： | 微生物 样本 高通量测序 质控 中药材 鉴别 生物信息学分析 药用植物 研究技术领域 结果准确性 生物信息学 预处理操作 中药材种植 测序数据 对比结果 合格数据 结果分析 快速鉴别 软件筛选 作用机制 基因 可视化 双链 采集 绘制 分析 | ||
【主权项】：
1.一种药用植物共生微生物鉴定方法，其特征在于，包括如下步骤：/nS1，采集样本，并进行预处理操作；/nS2，采用高通量测序的方法，获取样本中微生物16S rRNA基因的V3、V4区序列双链测序数据；/nS3，借助FastQC软件筛选出合格的测序数据，将合格的测序数据的正向链和反向链合成得到总链文件，通过Mothur软件对总链文件进行质控处理得到质控文件；/nS4，借助Qiime软件对质控文件进行分析得到微生物物种丰度表，借助R软件和LEfSe软件绘制样本中微生物的可视化结果分析图表，通过对比分析结果来鉴别样本微生物。/n
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