[发明专利]一种药用植物共生微生物鉴定方法及其应用

权利要求书

1.一种药用植物共生微生物鉴定方法，其特征在于，包括如下步骤：

S1，采集样本，并进行预处理操作；

S2，采用高通量测序的方法，获取样本中微生物16S rRNA基因的V3、V4区序列双链测序数据；

S3，借助FastQC软件筛选出合格的测序数据，将合格的测序数据的正向链和反向链合成得到总链文件，通过Mothur软件对总链文件进行质控处理得到质控文件；

S4，借助Qiime软件对质控文件进行分析得到微生物物种丰度表，借助R软件和LEfSe软件绘制样本中微生物的可视化结果分析图表，通过对比分析结果来鉴别样本微生物。

2.根据权利要求1所述的药用植物共生微生物鉴定方法，其特征在于，步骤S1中，所述预处理操作的具体步骤为：采集待检测样本，对所有样本进行液氮处理并储存于干冰盒。

3.根据权利要求1所述的药用植物共生微生物鉴定方法，其特征在于，步骤S3中，所述对总链文件进行质控处理前，需要用脚本去除高通量测序中加入的接头序列，所述接头序列为：

-a AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC

-A AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT。

4.根据权利要求1所述的药用植物共生微生物鉴定方法，其特征在于，步骤S4中，借助Qiime软件对质控文件进行分析时采用“pick_de_novo_otus.py”或“pick_closed_reference_otus.py”的分析流程。

5.根据权利要求1所述的药用植物共生微生物鉴定方法，其特征在于，步骤S4中，所述借助Qiime软件对质控文件进行分析得到物种丰度表的步骤，包括通过进行OTU的聚类分析得到微生物样本的OTU表、进行微生物物种多样性分析得到α-多样性数据表和β-多样性数据表、以及进行相对丰度的分析得到相对丰度表。

6.根据权利要求5所述的药用植物共生微生物鉴定方法，其特征在于，步骤S4中，所述可视化结果分析图表包括PCoA差异性分析图、相对丰度组成分析图和分类Biomarker分析图。

7.根据权利要求6所述的药用植物共生微生物鉴定方法，其特征在于，步骤S4中，所述对比分析结果的操作包括对比微生物的丰度组成和Biomarker。

8.权利要求1～7任一项所述的药用植物共生微生物鉴定方法在鉴定甘草根际微生物与根系土壤微生物中的应用。

9.权利要求1～7任一项所述的药用植物共生微生物鉴定方法在鉴定甘草种植方式中的应用。

10.权利要求1～7任一项所述的药用植物共生微生物鉴定方法在解析中药复方治疗疾病的作用机制中的应用。