[发明专利]一种基于基因组二代测序的载体插入位置检测方法在审
| 申请号： | 201811147423.0 | 申请日： | 2018-09-29 |
| 公开（公告）号： | CN109207569A | 公开（公告）日： | 2019-01-15 |
| 发明（设计）人： | 袁运栋;王永红 | 申请（专利权）人： | 中国科学院遗传与发育生物学研究所 |
| 主分类号： | C12Q1/6858 | 分类号： | C12Q1/6858;G16B20/50 |
| 代理公司： | 北京纪凯知识产权代理有限公司 11245 | 代理人： | 关畅;秦梦楠 |
| 地址： | 100101 北京市朝阳区*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基于基因组二代测序的载体插入位置检测方法。所述方法是将植物突变体进行全基因组测序后使用序列比对软件按照特定方法进行序列分析得到载体插入位置。本发明具有如下优点：(1)利用服务器进行分析，处理速度快，每个样品约半小时即可完成，相对于TAIL‑PCR方法的至少3天，分析时间大大缩短。(2)结果准确，利用测序质量较高的reads比对，结果特异，而TAIL‑PCR方法原理就是利用兼并不特异引物进行PCR扩增，存在一定的假阳性。 | ||
| 搜索关键词： | 测序 插入位置 基因组 植物突变体 全基因组 特异引物 序列比对 序列分析 假阳性 检测 比对 服务器 分析 | ||
【主权项】：
1.一种检测植物突变体基因组中载体插入位置的方法，包括如下步骤(1)和步骤(2)：(1)对待测突变体进行全基因组测序；(2)完成步骤(1)后，对测序结果进行如下步骤(a)‑(d)：(a)将所有reads的完整序列从5’‑3’方向切除2/3长度的序列，将剩余的部分比对到载体，筛选能100％比对到载体上的reads；(b)将步骤(a)筛选得到的所有reads的完整序列从3’‑5’方向切除2/3长度的序列，将剩余的部分比对到植物参考基因组，筛选能100％比对到植物参考基因组上的reads，reads所对应的位置为插入位置；(c)将步骤(b)筛选得到的所有reads的完整序列分别比对到载体和植物参考基因组，去除能够100％完全比对到载体和/或植物参考基因组上的reads，其余reads保留；(d)完成步骤(c)后，对保留的reads位置进行汇总，确定插入位置；所述植物参考基因组为所述突变体植株属于同一种的植物的参考基因组；所述植物突变体为载体插入突变体。
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