[发明专利]一种基于猪ERV转座子插入多态性研发新型分子标记的方法有效
| 申请号： | 201710928987.7 | 申请日： | 2017-10-09 |
| 公开（公告）号： | CN107523634B | 公开（公告）日： | 2020-06-02 |
| 发明（设计）人： | 宋成义;王伟;陈才;杨昆仑;张丽;沈丹;王赛赛;王宵燕;高波 | 申请（专利权）人： | 扬州大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6806 | 分类号： | C12Q1/6806;C12Q1/6888;C12N15/10;G16B30/10 |
| 代理公司： | 南京知识律师事务所 32207 | 代理人： | 卢亚丽 |
| 地址： | 225009 *** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | 本发明涉及分子生物学和生物信息学领域，具体涉及一种基于猪ERV转座子插入多态性研发新型分子标记的方法。该方法是利用ERV的LTR序列作为查询序列，在猪公开的基因组寻找插入位点；每个插入位点分别向上游和下游延伸300‑500个核苷酸序列，下载每条序列；将获得的序列去除冗余并进行多序列比对，每条插入位点序列保留300‑500个ERV插入位点侧翼区核苷酸序列和LTR序列；再根据获得的序列信息设计检测引物，作为待验证分子标记引物；利用所得的待验证分子标记引物PCR扩增不同品种，或同一品种不同个体基因组样品，选取能清晰扩出条带且有多态性的引物组合，获得分子标记。本发明可以为猪的品系鉴定，育种中的标记辅助选择提供有用的分子标记。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 erv 座子 插入 多态性 研发 新型 分子 标记 方法 | ||
【主权项】：
一种基于猪ERV转座子插入多态性研发新型分子标记的方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)利用ERV的LTR序列作为查询序列，在生物学公用数据库中对猪公开的基因组进行检索，寻找插入位点；(2)针对步骤(1)寻找到的ERV的每个插入位点，分别向上游和下游延伸300‑500个核苷酸序列，然后分别下载每条序列；(3)将步骤(2)获得的序列去除冗余并进行多序列比对，每条插入位点序列保留300‑500个ERV插入位点侧翼区核苷酸序列和LTR序列；(4)根据步骤(3)获得的序列信息设计检测引物，作为待验证分子标记引物，其中使一侧引物位于ERV插入位点的基因组侧翼序列中，另一侧引物位于ERV的LTR序列中；(5)利用步骤(4)所得的待验证分子标记引物PCR扩增不同品种，或同一品种不同个体基因组样品，选取能清晰扩出条带且有多态性的引物组合，获得分子标记。
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