[发明专利]一种基于猪ERV转座子插入多态性研发新型分子标记的方法

说明书

本发明涉及分子生物学和生物信息学领域，具体涉及一种基于猪ERV转座子插入多态性研发新型分子标记的方法。该方法是利用ERV的LTR序列作为查询序列，在猪公开的基因组寻找插入位点；每个插入位点分别向上游和下游延伸300‑500个核苷酸序列，下载每条序列；将获得的序列去除冗余并进行多序列比对，每条插入位点序列保留300‑500个ERV插入位点侧翼区核苷酸序列和LTR序列；再根据获得的序列信息设计检测引物，作为待验证分子标记引物；利用所得的待验证分子标记引物PCR扩增不同品种，或同一品种不同个体基因组样品，选取能清晰扩出条带且有多态性的引物组合，获得分子标记。本发明可以为猪的品系鉴定，育种中的标记辅助选择提供有用的分子标记。

技术领域

本发明涉及分子生物学和生物信息学领域，具体涉及一种基于猪ERV转座子插入多态性研发新型分子标记的方法。

背景技术

DNA分子标记技术是一种以基因组DNA多态性为基础的新型遗传标记技术，是遗传变异在DNA水平上的直接反映。与其他几种遗传标记——形态学标记、生物化学标记、细胞学标记相比，DNA分子标记具有的优越性有：大多数分子标记为共显性，对隐性的性状的选择十分便利；基因组变异极其丰富，分子标记的数量几乎是无限的；在生物发育的不同阶段，不同组织的DNA都可用于标记分析；分子标记揭示来自DNA的变异；表现为中性，不影响目标性状的表达，与不良性状无连锁；检测手段简单、迅速。

随着分子生物学技术的发展，现在DNA分子标记技术已有数十种，广泛应用于遗传育种、基因组作图、基因定位、物种亲缘关系鉴别、基因库构建、基因克隆等方面。第一类：是以分子杂交为核心的分子标记，包括RFLP、DNA指纹技术等，这类分子标记被称为第一代分子标记；第二类：是以PCR为核心的分子标记，包括随机扩增多态性RAPD、简单序列重复SSR、扩增片段长度多态性AFLP、序列标签位点STS等，为第二代分子标记；第三类：是一些新型的分子标记，如：SNP标记、表达序列标签EST标记等，也以PCR技术为基础，为第三代分子标记。还存在其他类型的DNA标记，但他们是上述DNA标记类型的组合。例如，CAP为酶切扩增多态性DNA，其中PCR产物在扩增后要进行酶切消化。其中的引物对可以根据重复元件和AFLP引物或不同重复元件的序列来设计。

转座子在生物基因组中广泛存在，是一类在基因组上可以自由跳跃(复制或移位)的移动DNA序列，首先由Mc.Clintock于20世纪40年代在玉米染色体中发现，以后又陆续在细菌、真菌及昆虫等各种生物中发现。由于转座子能在其寄主的基因组中复制、移动，因此，像其它的突变源一样，转座子不仅促进了物种间基因组的分化，而且还产生了物种内丰富的遗传多样性,对物种、品种、亚种、品系形成发挥了重要作用。利用转座子插入多态性(TIP)建立新型分子标记技术在遗传进化研究中为我们理解高等生物基因组的进化提供了新视角，同时，TIP技术也成为生物多样性、遗传进化研究和分子育种的重要工具。人类转座子解析研究最为深入和广泛。研究表明：人类基因组中的活性转座子主要为L1、Alu和SVA，这些活性转座子在不同人群中产生了大量的多态，Witherspoon等学者(Witherspoon,D.J.et al.Genome research 23,1170-81(2013))仅对196个来源于不同地区和群体的人基因组分析时，一次就获得了5799个Alu插入位点，其中多态位点高达2524个。目前发现在人类基因组中至少有8350个TIP座位(Hancks,D.C.et al.Current opinion in geneticsdevelopment 22,191-203(2012))。鼠的TIP比人类更丰富，因为鼠的世代间隔短，且基因组中活性转座子更多，主要包括ERV(鼠内源性病毒)、L1、B1/SINE和B2/SINE。