[发明专利]一种基因组胞嘧啶位点表观基因型分型方法有效
| 申请号： | 201710064216.8 | 申请日： | 2017-02-04 |
| 公开（公告）号： | CN106845152B | 公开（公告）日： | 2019-01-29 |
| 发明（设计）人： | 张德强 | 申请（专利权）人： | 北京林业大学 |
| 主分类号： | G16B30/10 | 分类号： | G16B30/10;C12Q1/68 |
| 代理公司： | 北京高沃律师事务所 11569 | 代理人： | 王加贵 |
| 地址： | 100089 北京市海淀*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本发明提供了一种基因组胞嘧啶位点表观基因型分型方法，包括以下步骤：1)对待测样品父母本和子代样本进行重亚硫酸盐全基因组甲基化测序，获得父母本和子代样本基因组序列；2)将父母本和子代样本基因组序列与参考基因组比对获得比对结果，确定待测胞嘧啶位点；3)将比对结果进行染色体坐标排序、reads去重复处理，再通过GATK2‑V3.2对已知胞嘧啶位点上下游5～10bp的序列进行Call SNPs，从而区分子代等位基因序列；4)将已获得的被区分过子代等位基因序列与父母本基因组序列比对，完成胞嘧啶表观基因型分型。本发明首次完成了基因组胞嘧啶位点表观基因型分型，技术成熟，成本低，易于操作与推广应用。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基因组 胞嘧啶 表观 基因型 方法 | ||
【主权项】：
1.一种基因组胞嘧啶位点表观基因型分型方法，其特征在于，包括以下步骤：1)对待测样品父母本和子代样本进行重亚硫酸盐全基因组甲基化测序，获得父母本和子代样本基因组序列；2)将所述父母本和子代样本基因组序列与待测样品已知的参考基因组比对，确定待测胞嘧啶位点；3)利用SAMTOOLSV0.1.18和PICARD‑TOOLSV1.96，将所述待测胞嘧啶位点的序列数据进行染色体坐标排序后进行reads去重复处理，获得校正后的序列数据，再通过GATK2‑V3.2对所述校正后的序列数据中已知胞嘧啶位点上下游5～10bp的序列进行CallSNPs，区分出子代等位基因序列；4)将所述子代等位基因序列与父母本基因组序列比对，得到胞嘧啶表观基因型分型结果；所述步骤1)具体包括以下步骤：1.1)用CTAB法提取待测样品父母本和子代样本基因组DNA；1.2)对所述提取到的基因组DNA进行质量、纯度和浓度检测，筛选出合格的父母本和子代样本基因组DNA样品；1.3)采用重亚硫酸盐法构建所述合格的父母本和子代样本基因组DNA样品测序文库；1.4)质检筛选合格基因组DNA样品测序文库，所述合格基因组DNA样品测序文库的插入片段为320～520bp，有效浓度＞2nM；1.5)对所述合格基因组DNA样品测序文库进行双末端Hiseq测序，获得父母本和子代样本基因组序列。
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