[发明专利]一种检测人类胚胎染色体微缺失和微重复的方法

摘要

本发明涉及一种检测人类胚胎染色体微缺失和微重复的方法，步骤如下通过对体外培养的细胞进行全基因组扩增，并将DNA分子打断，对DNA片段测序，得到测序读段；与参考序列比对，将其定位于参考序列上；筛选参考序列非重复区域，保留非重复区域；通过正常样本建立窗口内读段数目矩阵，对正常样本数据进行分析，统计非重复区域内各窗口读段数，建立读段数及染色体整倍体的概率矩阵；计算位点的拷贝数即A/B/C状态；将连续m个位点为A状态选择为微重复位点，连续m个位点为C状态选择为微缺失位点；与已有CNV和疾病数据库进行对照，进行基本的基因注释和缺失部分涉及的基因功能分析，标注出微缺失综合征疾病类型。

主权项

一种用于非诊断目的的检测人类胚胎染色体微缺失和微重复的方法，其特征在于，包括以下步骤：1）将获自体外培养的囊胚滋养层细胞进行全基因组扩增，将扩增后的基因组DNA分子随机打断，得到DNA片段，并对得到的DNA片段进行测序，获得测序的读段；2）将步骤1）中测定的DNA序列与人类基因组参考序列进行比对，将所测DNA序列定位于参考序列上；3）筛选参考序列非重复区域，去除参考序列上长度为n并且在参考序列其它位置出现完全一致序列的区域，保留非重复区域；4）通过正常样本建立窗口内读段数目矩阵，对预先准备正常样本数据进行分析，统计步骤3）中非重复区域内各窗口读段数，建立读段数及染色体整倍体的概率矩阵；5）根据步骤4）中概率矩阵及预先建立的转移矩阵，计算位点的拷贝数即A/B/C 状态，具体步骤如下：对于参考序列上的位点b，计算b=1 位点的部分概率δ(i, 1)，δ(i, b) 表示b位点到状态i的所有可能中最大的的概率；计算b>1位点的部分概率，利用b‑1位点计算b位点的部分概率为δ(i,b)=max(δ(j,b‑1)ajibik)，其中aji表示从状态 j转移到状态i的概率，bik表示状态i的读段数为k的概率；回溯序列，在每一个中间位点和结束位点均有一个部分最优概率δ(i,b)，记录形成某个位点最大局部概率的前一个状态，得到所有位点的状态序列；6）基于步骤5）中得到的待测样品数据的状态序列，将连续m个位点为A 状态选择为微重复位点，连续m个位点为C 状态选择为微缺失位点。