[发明专利]一种检测人类胚胎染色体微缺失和微重复的方法

权利要求书

1.一种用于非诊断目的的检测人类胚胎染色体微缺失和微重复的方法，其特征在于，包括以下步骤：

1）将获自体外培养的囊胚滋养层细胞进行全基因组扩增，将扩增后的基因组DNA分子随机打断，得到DNA片段，并对得到的DNA片段进行测序，获得测序的读段；

2）将步骤1）中测定的DNA序列与人类基因组参考序列进行比对，将所测DNA序列定位于参考序列上；

3）筛选参考序列非重复区域，去除参考序列上长度为n并且在参考序列其它位置出现完全一致序列的区域，保留非重复区域；

4）通过正常样本建立窗口内读段数目矩阵，对预先准备正常样本数据进行分析，统计步骤3）中非重复区域内各窗口读段数，建立读段数及染色体整倍体的概率矩阵；

5）根据步骤4）中概率矩阵及预先建立的转移矩阵，计算位点的拷贝数即A/B/C 状态，具体步骤如下：

对于参考序列上的位点b，计算b=1 位点的部分概率δ(i, 1)，δ(i, b) 表示b位点到状态i的所有可能中最大的的概率；计算b>1位点的部分概率，利用b-1位点计算b位点的部分概率为δ(i,b)=max(δ(j,b-1)ajibik)，其中aji表示从状态 j转移到状态i的概率，bik表示状态i的读段数为k的概率；回溯序列，在每一个中间位点和结束位点均有一个部分最优概率δ(i,b)，记录形成某个位点最大局部概率的前一个状态，得到所有位点的状态序列；

6）基于步骤5）中得到的待测样品数据的状态序列，将连续m个位点为A 状态选择为微重复位点，连续m个位点为C 状态选择为微缺失位点。

2.根据权利要求1所述的一种用于非诊断目的的检测人类胚胎染色体微缺失和微重复的方法，其特征在于，所述读段为测序获得的序列片段。

3.根据权利要求2所述的一种用于非诊断目的的检测人类胚胎染色体微缺失和微重复的方法，其特征在于，步骤1）中，DNA 分子的随机打断处理采用酶切、雾化、超声或物理剪切法。

4.根据权利要求3所述的一种用于非诊断目的的检测人类胚胎染色体微缺失和微重复的方法，其特征在于，步骤1）中，所述DNA 分子被打断至平均长度为100bp-200bp。

5.根据权利要求4所述的一种用于非诊断目的的检测人类胚胎染色体微缺失和微重复的方法，其特征在于，步骤1）中，所述的测序方法为高通量测序方法Ion Torrent/PGM，所述DNA 的平均长度为120bp。

6.根据权利要求5所述的一种用于非诊断目的的检测人类胚胎染色体微缺失和微重复的方法，其特征在于，测序深度为0.01-0.1X。