[发明专利]基于药物组合网络的药物联合作用预测方法有效
申请号: | 201310022466.7 | 申请日: | 2013-01-22 |
公开(公告)号: | CN103065066A | 公开(公告)日: | 2013-04-24 |
发明(设计)人: | 邹俊;杨胜勇;魏于全;张康;苏智广 | 申请(专利权)人: | 四川大学 |
主分类号: | G06F19/18 | 分类号: | G06F19/18 |
代理公司: | 成都和睿达专利代理事务所(普通合伙) 51217 | 代理人: | 潘育敏 |
地址: | 610064 四*** | 国省代码: | 四川;51 |
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摘要: | 本发明公开了一种基于药物组合网络的药物联合作用预测方法。构建药物组合网络DCN,利用药物组合网络DCN整合药物协同作用组合信息、药物-靶标相互作用信息、以及靶标蛋白质-蛋白质相互作用信息;将两种药物的靶标分别映射到药物组合网络DCN上,确定联合作用药物在药物组合网络中的邻接群,确定邻接群的拓扑网络特征和生物学功能关系特征。将邻接群的拓扑网络特征和生物学功能关系特征进行整合。确定基于整合的邻接群的特征向量,建立基于支持向量机SVM的药物联合作用效果预测模型,采用支持向量机分类算法,用于预测两种药物的组合是否产生协同作用。本方法可准确地预测新的药物联合作用,对于加快开发新型药物联合治疗方案具有重要价值。 | ||
搜索关键词: | 基于 药物 组合 网络 联合 作用 预测 方法 | ||
【主权项】:
一种基于药物组合网络的药物联合作用预测方法,其特征在于:构建药物组合网络DCN,利用药物组合网络DCN整合药物协同作用组合信息、药物‑靶标相互作用信息、以及靶标蛋白质‑蛋白质相互作用信息;将两种药物的靶标分别映射到药物组合网络DCN上,确定联合作用药物在药物组合网络中的邻接群,确定邻接群的拓扑网络特征和生物学功能关系特征;将邻接群的拓扑网络特征和生物学功能关系特征进行整合;确定基于整合的邻接群的特征向量,建立基于支持向量机SVM的药物联合作用效果预测模型,采用支持向量机分类算法,用于预测两种药物的组合是否产生协同作用;步骤如下:步骤一、获取用于建立效果预测模型的药物联合作用信息;包括两个联合作用药物的名称、联合作用类型和作用效果,这些数据将作为用于构建分类预测系统的阳性数据集;步骤二、获取药物和靶标相互作用信息;步骤三、获取靶标蛋白质‑蛋白质相互作用信息;步骤四、根据“步骤一~步骤三”获取的信息进行整合,建立药物组合网络;步骤五、确定联合作用药物在药物组合网络中的邻接群;步骤六、计算邻接群的拓扑网络特征;步骤七、计算邻接群的功能关系特征;步骤八、建立支持向量机的药物联合作用效果预测模型。
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G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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