本发明适用于分子标记技术领域,提供了一种用于鉴定多花黄精的分子标记,其特征在于,包括分子标记trnT‑GGU+ccsA和/或ndhG~ndhA;所述分子标记trnT‑GGU+ccsA的核苷酸序列如SEQ ID NO:1;所述分子标记ndhG~ndhA的核苷酸序列如SEQ ID NO:2。本发明还提供了一种用于鉴定多花黄精的引物组、试剂盒以及方法。本发明可以从分子水平上快速、有效、准确的对药用黄精‑多花黄精进行鉴定,鉴定过程快速,耗时短,方法简单,能够科学鉴定多花黄精的真伪,确保临床用药的安全性及有效性,确保中药黄精的质量。