本发明涉及一种黏果酸浆的特异性核苷酸序列、标记引物及鉴别方法。用于鉴别黏果酸浆的特征性核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。用于鉴别黏果酸浆的特异性分子标记引物上游序列PHI4F:如SEQ ID NO.2所示;下游序列PHI4R:如SEQ ID NO.3所示。利用特异性标记引物PHI4F/PHI4R,通过常规PCR扩增,电泳检测,即可快速、准确的鉴别出黏果酸浆样品。本发明样品用量少,鉴别结果准确、检测灵敏高,耗时短,半天即可完成,应用方法简便;PHI4F/PHI4R为黏果酸浆专一性扩增引物,若为其他酸浆属植物样品,为阴性反应。