本发明公开了一种生物合成银杏酸的方法及其基因序列,涉及银杏酸合成技术领域,合成银杏酸基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,其氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示;和/或,合成银杏酸基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示,其氨基酸序列如SEQ ID NO.4所示。本发明采用上述的一种生物合成银杏酸的方法及其基因序列,对银杏酸的合成调控提供新靶点,为银杏酸及其相关产品的高品质生产提供新思路。并且,该方法在生物体内部进行,不需要加入任何其他成分,使得仅需要正常种植转入目标基因的植株即可高效生成银杏酸。