本发明属于分子生物学技术领域,公开了一种控制高粱籽粒形状的基因及其分离、克隆方法与应用,基因为SbGS‑7,所述高粱籽粒形状包括圆粒粒形和长粒粒形;其中,所述控制高粱籽粒圆粒粒形基因的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,所述控制高粱籽粒长粒粒形基因的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示。本发明分离和克隆一种能够控制高粱籽粒粒形(长/圆粒)的基因SbGS‑7,提供与粒形关联的分子标记M3,用于鉴定高粱中是否含有长/圆粒基因SbGS‑7。本发明利用该标记在苗期即可进行长/圆粒基因型的分子标记辅助选择,保证100%准确率,大大减少田间种植材料的数量,节省人力物力和财力,加快高粱粒形性状育种进程。