本发明公开了一种鉴定水稻东野/D1型细胞质源的分子标记及其应用,涉及植物生物技术领域。本发明提供的分子标记,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明还提供了鉴定该分子标记的引物,其核苷酸序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示,通过该引物对水稻的基因组DNA进行PCR扩增检测,当可以扩增得到如SEQ ID NO.4所示的序列时,表明该水稻含有东野/D1型细胞质源;当不能扩增出该序列时,表明该水稻不含东野/D1型细胞质源。本发明提供的分子标记和引物可用于东野/D1型细胞质源的鉴定,还用于辅助鉴定水稻东野/D1型不育系种子纯度及其杂交种真伪等,具有显著的应用价值。