本发明公开了一种南瓜半矮生性状紧密连锁的SNP分子标记,所述SNP分子标记为SNP3g10150643,且核苷酸多态性为C/T、核苷酸序列如SEQ ID NO.2‑4所示。本发明首次公开控制南瓜半矮生性状的基因座位及与其紧密连锁的SNP分子标记,该分子标记能够准确、快速地鉴别出半矮生南瓜品种和个体,可用于南瓜半矮生种质资源的预测和筛选,以及用于进行分子辅助育种创制半矮生南瓜品种。
本发明公开了一种南瓜黄茎性状紧密连锁的SNP分子标记,所述SNP分子标记为SNP14g15598654,且核苷酸多态性为A/T、核苷酸序列如SEQ ID NO.2‑4所示。本发明首次公开控制南瓜黄茎性状的基因座位及与其紧密连锁的SNP分子标记,该分子标记能够准确、快速地鉴别出黄茎南瓜品种和个体,可用于南瓜黄茎种质资源的预测和筛选,以及用于进行分子辅助育种创制黄茎南瓜品种。
本发明提供一种与南瓜芋香味性状紧密连锁的InDel分子标记,所述InDel分子标记定位于中国南瓜基因组的第10条染色体上,核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明还提供了用于检测该InDel标记的特异引物和方法,所述特异性引物对的序列如SEQ ID NO.2‑3所示。利用本发明提供的特异性引物对,基于PCR和聚丙烯酰胺凝胶电泳获得的电泳条带,将该InDel分子标记应用于筛选具有芋香味性状的南瓜,有利于确定具有芋香味的南瓜的客观判断标准,从基因型上快速、准确地判断南瓜芋香味性状,从而建立南瓜芋香味性状的分子辅助选择育种技术体系。
本发明公开了与南瓜光周期不敏感性状紧密连锁的indel分子标记及其应用,属于分子检测技术领域。所述indel分子标记SEQ7593定位于中国南瓜第10号染色体上,大小为280bp,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。所述indel分子标记SEQ7593可直接用于光周期不敏感性状分子标记辅助育种体系的建立。根据indel分子标记设计的引物扩增可以简便、快速、高通量地应用于南瓜品种改良分子辅助育种,为南瓜光周期不敏感分子育种提供技术支持,同时大大缩短了传统基因定位的时间。
本发明公开了与南瓜蔗糖/葡萄糖比值主效QTL紧密连锁的SNP分子标记及其应用。分子标记定位于中国南瓜19号连锁群上,分别位于蔗糖/葡萄糖比值基因两侧;其中,分子标记26139包含SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列或其同源SNP序列;分子标记13328包含SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列或其同源SNP序列。定位的QTL位点对该数量性状存在显著关联关系(p<0.05),且贡献率较高,分子标记26139的解释概率为11.9%,分子标记13328的解释概率为11.6%,通过这两个分子标记可以预测南瓜蔗糖/葡萄糖比值的高低,可以简便、快速、高通量地应用于南瓜品种改良分子辅助育种,为实现南瓜蔗糖/葡萄糖比值性状的早期鉴定和筛选提供分子辅助选择技术支持,同时大大缩短了传统基因定位的时间。
本发明公开了与南瓜叶黄素含量主效QTL紧密连锁的SNP分子标记及其应用。分子标记定位于中国南瓜11号连锁群上,分别位于叶黄素基因两侧;其中,分子标记6564包含SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列或其同源SNP序列;分子标记24019包含SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列或其同源SNP序列。定位的QTL位点对该数量性状存在显著关联关系(p<0.05),且贡献率较高,分子标记6564的解释概率为15.2%,分子标记24019的解释概率为15.6%,通过这两个分子标记可以预测南瓜叶黄素含量的高低。根据分子标记设计的dCAPS扩增引物可以简便、快速、高通量地应用于南瓜品种改良分子辅助育种,为实现南瓜叶黄素含量性状的早期鉴定和筛选提供分子辅助选择技术支持,同时大大缩短了传统基因定位的时间。