本发明提供了一种嗜冷酵母金属硫蛋白的基因克隆、表达方法及应用。通过提取该金属硫蛋白基因,设计引物F1、R1,经PCR扩增后与表达载体进行连接,构建重组表达载体;将重组表达载体转化入表达菌株,构建重组表达转化体;建立了该重组蛋白的表达与纯化方法。所述金属硫蛋白基因,其核苷酸序列及编码的氨基酸序列如序列表SEQ ID NO1和SEQ ID NO2所示。本发明克隆获得的新型金属硫蛋白,含有16个半胱氨酸,丰富的巯基能够螯合多种金属重金属离子,在医药、食品保健及化妆品添加剂、基因工程试剂、化工、环保、动物、农业等领域前景广阔。