本发明提供了一种聚磷复合微生物制剂及其除磷方法,该聚磷复合微生物制剂包含枯草芽孢杆菌ATCC15131311101、地衣芽孢杆菌CCTCC AB 2010437、水生异常球球菌BNCC193105、水生异常球菌BNCC193106、金黄色葡萄球菌BNCC104923、表皮葡萄球菌BNCC102555、沼泽红假单胞菌BNCC337048。本发明提供的聚磷复合微生物制剂稳定性高,抗干扰能力强,适用于复杂水体;降低水体中磷元素含量,并且除磷效果优异;制备工艺简单,成本低廉;净化水质,产品均为可降解物质,对环境无二次污染。