本发明公开了一组克隆恶臭假单胞菌大片段DNA的载体及其应用。所述的质粒组合包含两个质粒pBCPP51和pBCPP52，序列分别如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示，能够有效地克隆细菌基因组中的特定的DNA区域，适用于10kb以上难以用PCR方法扩增的大片段。通过同源重组的方法，依次将携带同源臂的两个质粒插入到基因组中待克隆大片段的上游和下游，提取基因组并选用合适的限制性核酸内切酶进行单酶切，再将片段进行自连环化，得到包含待克隆片段的质粒，完成克隆后所得到质粒可在大肠杆菌和恶臭假单胞菌中复制。
本发明公开了一种丁香假单胞菌中的重组系统及应用，涉及基因工程技术领域；该重组系统的核苷酸序列为如SEQ ID No.37所示序列，其中该重组系统携带庆大霉素基因、阿拉伯糖调控基因和重组酶基因amp‑araC‑red、广宿主复制子pBBR1和蔗糖敏感负筛选基因sacB。该重组系统可以应用于丁香假单胞菌的基因重组中，能介导Psyr_1621的全基因敲除和Psyr_3467的5’端部分敲除，该重组系统不仅携带由阿拉伯糖诱导的λRed的重组酶蛋白，并且可以在蔗糖的筛选压力下将质粒丢失。
