本发明公开了一种丁香假单胞菌中的重组系统及应用，涉及基因工程技术领域；该重组系统的核苷酸序列为如SEQ ID No.37所示序列，其中该重组系统携带庆大霉素基因、阿拉伯糖调控基因和重组酶基因amp‑araC‑red、广宿主复制子pBBR1和蔗糖敏感负筛选基因sacB。该重组系统可以应用于丁香假单胞菌的基因重组中，能介导Psyr_1621的全基因敲除和Psyr_3467的5’端部分敲除，该重组系统不仅携带由阿拉伯糖诱导的λRed的重组酶蛋白，并且可以在蔗糖的筛选压力下将质粒丢失。
本发明属于细胞工程技术领域，具体涉及一种用于红球菌基因敲除的重组系统及其应用。包括：Che9c6061重组酶质粒、Flp重组酶和游离双链DNA敲除盒片段；游离双链DNA敲除盒片段包括：目的基因上下游同源臂序列及在其间插入包含抗性基因的两个同向FRT序列；Flp重组酶质粒的基因序列如SEQ ID NO.1或SEQ ID NO.3所示。该用于红球菌基因敲除的重组系统可以有效对红球菌进行无痕敲除，庆大霉素抗性丢失效率达到了100％和78.7％；而且本发明基于FRT位点特异性重组酶Flpw方法可有效实现红球菌Rhodococcus ruber R1的高效无痕敲除，为下一轮基因编辑(多基因敲除)回收抗性基因。
本发明公开了一种黄胶原产量相关基因及其构建高产黄原胶工程菌的应用。所述黄胶原产量相关基因即新基因XC_1672，序列如SEQ ID NO.1所示。该基因可用于黄原胶生成菌株的遗传改造，提高黄胶原产量。本发明将基因XC_1672应用于构建高产黄原胶的工程菌中，通过失活生产黄原胶的野油菜黄单胞菌的野生菌株Xcc8004基因组中的基因XC_1672来完成基因改造。本发明的实验证明，通过两次同源重组的基因敲除方法删除Xcc8004基因组中的XC_1672基因，获得的工程菌相较于野油菜黄单胞菌Xcc8004，产黄原胶的能力提升了60%。
本发明公开了一种菌黄素合成相关基因XC_4092，基因序列如SEQ ID NO.1所示，其编码产物具有3‑酮脂酰ACP还原酶活性，能够催化菌黄素合成中的还原反应。本发明进一步的公开了基因XC_4092在生产无色黄原胶方面的应用，以野油菜黄单胞菌野油菜致病变种的野生菌株Xcc8004作为出发菌株，通过失活Xcc8004基因组中的基因XC_4092完成基因改造，构建产无色黄原胶工程菌。相较Xcc8004，本发明的工程菌在发酵过程中不能合成菌黄素，有效地改善了黄原胶的外观颜色，从而大大地提升了黄原胶产品的品质。
