[发明专利]对着床前胚胎进行林奇综合征相关基因序列检测的试剂盒及其应用

说明书

本发明提供了一种对着床前胚胎进行林奇综合征相关基因检测的试剂盒套装及其应用，该方法基于转录组进行检测，降低了脱扣的可能，提高在着床前胚胎细胞中针对林奇综合征相关基因检测的精准性和成功率。

技术领域

本发明涉及生物医疗领域，具体涉及一种对着床前胚胎进行林奇综合征相关基因序列检测的试剂盒及其用途。

背景技术

林奇综合征（lynch syndrome，LS）既往也被称为遗传性非息肉病性大肠癌，呈常染色体显性遗传模式，人群发病率1/200-1/1000。临床患者易罹患多种恶性肿瘤并且发病年龄较早，其中最常见的肿瘤为结直肠癌、子宫内膜癌，以及其他易发卵巢癌、胃癌、小肠癌、胰腺癌等。目前研究显示，LS主要是由于 MLH1、 MSH2、 MSH6、 PMS2基因突变引起的。LS中约95%的患者突变来源于 MLH1， MSH2和 MSH6基因，其中，LS患者中约50%突变源于 MLH1基因、约40%突变来源于 MSH2基因，7~20%的突变源于 MSH6基因、＜5%突变源于 PMS2基因。根据既往研究，LS家系的突变谱中无热点突变位点，涉及的突变类型包括无义突变、错义突变、移码突变、剪接突变。由于LS患者发病年龄较早，并且存在罹患多种癌症的风险，建议从20岁开始每1～2年进行复查；当癌症发生时手术切除是主要的治疗方法，但术后患者生活质量明显降低，同时给家庭带来一定负担。因此，从出生缺陷一级和二级预防层面对LS患者进行遗传诊断，并且对有生育需求的LS患者胚胎进行着床前遗传学检测或产前诊断，是降低LS发病率，减少患儿出生的根本措施。

单基因病胚胎着床前遗传学检测（preimplantation genetic testing formonogenic defects，PGT-M）是一种能够阻断LS向后代传递的有效方式。相较于传统的产前诊断（prenatal genetics diagnosis，PND），PGT-M对着床前胚胎进行检测，避免了因引产携带突变的胎儿对女性带来的身心伤害。成人LS基因检测使用的是外周血样本，提取后可获得微克级别的基因组DNA，后续采用Sanger测序或二代测序技术对突变位点检测。着床前胚胎基因检测的样本来自于囊胚期胚胎外滋养层（trophectoderm，TE）活检的细胞（约5个细胞），其基因组DNA量在皮克级别，与成人通过外周血获得的基因组DNA比相差悬殊。在进行后续遗传学诊断之前需先经过全基因组扩增（whole-genome amplification，WGA）以获得足够用于后续检测的DNA量。但目前WGA覆盖度约80-85%，同时即使扩增成功也存在20%等位基因脱扣（allele dropout，ADO）的可能，影响了检测的精准性。对于胚胎LS相关基因的检测包括：突变位点的直接检测，及间接通过单核苷酸多态性（single nucleotidepolymorphism，SNP）进行家系连锁分析，从而避免因ADO导致的误诊。并且新发突变患者，无法通过家系成员连锁分析对位点进行间接检测，目前检测策略仍存在一定局限性以及误诊风险。

发明内容

为了解决前述的问题，本发明提供一种基于转录组的，用于着床前胚胎林奇综合征相关基因序列检测的试剂盒及其应用。

第一方面，本发明提供针对 MLH1的对着床前胚胎进行林奇综合征相关基因序列检测的试剂盒，试剂盒包含以下引物对中的至少一个：

引物对1