[发明专利]一种鉴别云南南部产金荞麦的SNP分子标记组合及其方法与应用

说明书

本发明属于分子生物学分子标记领域，涉及一种鉴别云南南部产金荞麦的SNP分子标记组合及其方法与应用，所述分子标记组合包括40个SNP分子标记，所述40个SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID No.1‑SEQ ID No.40所示。本发明的鉴别云南南部产金荞麦的SNP分子标记组合及其方法与应用，采用基因组学技术，在金荞麦基因组层面获得SNP标记，能够快速准确确定所检测的金荞麦产地是否为云南南部产地。

技术领域

本发明属于分子生物学分子标记领域，特别涉及一种鉴别云南南部产金荞麦的SNP分子标记组合及其方法与应用。

背景技术

金荞麦为蓼科植物金荞麦的干燥根茎，金荞麦又叫野荞麦、天荞麦、开金锁、野荞麦根，金荞麦有清热解毒、散风化痰、活血散淤、健脾利湿的功效，金荞麦有治疗咽喉肿痛、肺热咳嗽、肺痈痰臭、风湿痹痛、肺脓疡、痢疾的作用。

不同产地的金荞麦的药效质量差异较大。具体到云南产地，云南中部地区（包括昆明、曲靖、玉溪等地）产的金荞麦总黄酮含量高；云南西北部地区（包括怒江、迪庆、楚雄等地）产的金荞麦含量较低，基本不合格；云南南部地区（包括文山州、红河州等地）产的金荞麦茎秆绿色，老茎稍红，含量中等，部分地区含量合格。药材的“道地性”是由于各个地区生态环境差异导致药材的药效不同，特定的地理气候种植的特定的药材，才能更好地发挥药效，也是道地药材的精髓。

金荞麦产地的鉴别一直是金荞麦物种鉴定的技术难点，也是当前中药资源产业面临的行业难题。当前金荞麦产地鉴别多运用性状鉴别及显微鉴别等方法，依赖个人经验及主观判断，准确性不高，技术可推广性不强。

发明内容

针对上述问题，本发明提供了一种鉴别云南南部产金荞麦的SNP分子标记组合及其方法与应用。

本发明首先提供一种鉴别云南南部产金荞麦的SNP分子标记组合，所述分子标记包括40个SNP分子标记，所述40个SNP分子标记的核苷酸序列如本申请中SEQ ID No.1-No.40所示。

进一步地，所述SNP分子标记组合的40个SNP分子标记在染色体上的位置及碱基情况如下所示：

其次，本发明提供一种利用鉴别云南南部产金荞麦的SNP分子标记组合鉴别金荞麦产地的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

获取待测样本DNA；

对待测样本DNA进行建库测序，获得样本DNA测序数据；

对所述样本DNA测序数据进行质控，获得样本DNA质控数据；

将所述样本DNA质控数据的序列与参考序列进行比对、去重后，进行SNP检测得到所述待测样本SNP基因型；

将相同基因组位置处的待测样品SNP基因型与前述云南南部产金荞麦的SNP分子标记组合进行比对，判断所述待测样品是否有与所述云南南部产金荞麦的SNP分子标记SEQID No.1- SEQ ID No.20所示相同的19-20个SNP分子标记，同时判断所述待测样品是否没有与所述云南南部产金荞麦的SNP分子标记SEQ ID No.21- SEQ ID No.40相同的19-20个SNP分子标记；

若两次判断结果均为是，则判断待测样品为云南南部产地金荞麦；若任一次判断结果为否，则所述待测样品为非云南南部产地金荞麦。

进一步地，所述的测序之前还包括检测待测样本是否合格，所述样本DNA的测序采用高通量测序。

进一步地，所述对所述样本DNA测序数据进行质控包括：

对所述样本DNA测序数据的原始reads进行过滤；

所述过滤规则包括：

去掉含有接头序列的reads；

去掉reads中N的比例大于10%的reads；

去掉测序质量低于20的碱基数量比例大于40%的reads。