[发明专利]一种鉴别云南南部产金荞麦的SNP分子标记组合及其方法与应用

权利要求书

1.一种鉴别云南南部产金荞麦的SNP分子标记组合，其特征在于，所述分子标记组合包括40个SNP分子标记，所述40个SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID No.1-SEQ ID No.40所示。

2.根据权利要求1所述的SNP分子标记组合，其特征在于，所述40个SNP分子标记在染色体上的位置及碱基如下所示：

。

3.一种利用权利要求1或2所述的SNP分子标记组合鉴别金荞麦产地的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

获取待测样本DNA；

对待测样本DNA进行建库测序，获得样本DNA测序数据；

对样本DNA测序数据进行质控，获得样本DNA质控数据；

将样本DNA质控数据的序列与参考序列进行比对、去重，进行SNP检测得到待测样本SNP基因型；

将相同基因组位置处的待测样本SNP基因型与权利要求1或2中云南南部产金荞麦的SNP分子标记组合进行比对，判断所述待测样品是否有与SEQ ID No.1- SEQ ID No.20所示相同的19-20个SNP分子标记，同时判断所述待测样品是否没有与SEQ ID No.21- SEQ IDNo.40所示相同的19-20个SNP分子标记；

若两次判断结果均为是，则判断待测样品为云南南部产地金荞麦；若任一次判断结果为否，则所述待测样品为非云南南部产地金荞麦。

4.根据权利要求3所述的鉴别金荞麦产地的方法，其特征进一步在于，所述的测序之前还包括检测待测样本是否合格；所述测序采用高通量测序。

5.根据权利要求3所述的鉴别金荞麦产地的方法，其特征进一步在于，所述对样本DNA测序数据进行质控包括：

对样本DNA测序数据的原始reads进行过滤；

所述过滤规则包括：

去掉含有接头序列的reads；

去掉reads中N的比例大于10%的reads；

去掉测序质量低于20的碱基数量比例大于40%的reads。

6.根据权利要求3所述的鉴别金荞麦产地的方法，其特征进一步在于，所述将样本DNA质控数据的序列与参考序列进行比对、去重，进行SNP检测得到所述待测样本SNP基因型包括：

以来自公共数据库的金荞麦基因组作为参考序列，利用比对软件bwa进行序列比对，获得bam文件；

利用排序软件对所述bam文件进行排序，并移除重复序列；

利用基因分型软件处理排序去PCR重复序列和碱基质量值校正的bam文件，然后获得待测样本初步SNP基因型；

利用“QUAL100  FS10  MQ40”参数提高所述样本初步SNP基因型的准确率，得到待测样本SNP基因型。

7.权利要求1或2的SNP分子标记组合在鉴别云南南部产金荞麦中的应用。

8.一种含权利要求1或2所述的SNP分子标记组合的基因芯片或试剂盒。