[发明专利]一种拟平滑念珠菌微卫星位点及其检测方法和应用

说明书

本发明提供了一种拟平滑念珠菌微卫星位点、一种拟平滑念珠菌的微卫星位点的检测方法、一种用于扩增拟平滑念珠菌微卫星位点的引物组、一种用于检测拟平滑念珠菌的微卫星位点的试剂盒、拟平滑念珠菌微卫星位点及其检测方法在拟平滑念珠菌的分子分型、分子溯源、院感监测、群体遗传和系统进化分析中的应用。利用本发明提供的拟平滑念珠菌微卫星位点及其检测方法和特异性引物组对拟平滑念珠菌的型别进行检测，多态性高、特异型好，在拟平滑念珠菌分子流行病学、群体遗传研究等方面具有重要意义。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体地，涉及一种拟平滑念珠菌微卫星位点、一种拟平滑念珠菌微卫星位点的检测方法、一种用于扩增拟平滑念珠菌微卫星位点的引物组、一种用于检测拟平滑念珠菌微卫星位点的试剂盒、拟平滑念珠菌微卫星位点及其检测方法在拟平滑念珠菌的分子分型、分子溯源、院感监测、群体遗传和系统进化分析中的应用。

背景技术

目前，用于拟平滑念珠菌主要分子标记为ITS和扩增片段长度多态性（AFLP）标记等。但这些分子标记的种内多态性较低，无法满足对拟平滑念珠菌的菌株间亲缘关系鉴定、分子溯源、院感监测、群体遗传学等需要。

微卫星（Microsatellite），又称简单重复序列（Simple sequence repeats，SSR）或短串联重复序列（Short tandem repeats，STR），指基因组DNA上的短的串联重复序列，重复单元一般为1-5bp，重复次数为5-40次。通过PCR检测重复区域的长度，可以进行遗传多态性分析。由于微卫星等位基因具有突变速率快的特点，因此该检测方法具有多态性高、特异性好、通量高、成本低等优点，并且在生物遗传作图、群体遗传研究、个体间亲缘关系鉴定等方面已得到广泛应用。然而，目前在病原体方面应用较少。

因此，提出种内高度多态性的微卫星位点分子标记及其检测方法具有重要的临床意义。

发明内容

本发明的目的是提供一种高度多态性的拟平滑念珠菌微卫星位点、一种拟平滑念珠菌的微卫星位点的检测方法、一种用于扩增拟平滑念珠菌微卫星位点的引物组、一种用于检测拟平滑念珠菌的微卫星位点的试剂盒、拟平滑念珠菌微卫星位点及其检测方法在拟平滑念珠菌的分子分型、分子溯源、院感监测、群体遗传和系统进化分析中的应用。

为了实现上述目的，本发明第一方面提供了一种拟平滑念珠菌微卫星位点，该拟平滑念珠菌微卫星位点为核苷酸序列如SEQ ID NO.1-4所示的拟平滑念珠菌微卫星位点的组合。

另一方面，本发明提供了一种拟平滑念珠菌的微卫星位点的检测方法，所述检测方法包括以下步骤：

S1、提取拟平滑念珠菌的总DNA；

S2、以所述总DNA为模板，利用荧光标记的引物组在PCR反应体系中进行PCR扩增反应；

S3、对PCR扩增产物中的荧光标记DNA片段进行多态性检测；

所述拟平滑念珠菌微卫星位点为本公开第一方面所述的拟平滑念珠菌微卫星位点；

所述引物组包含核苷酸序列如SEQ ID NO.5-8所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.9-12所示的反向引物。

可选地，每20μL的PCR反应体系中含有8-12μL的DNA聚合酶、1-3μL的gDNA、0.2-0.4μL的正向引物和0.2-0.4μL的反向引物；

所述正向引物的浓度为18-22μM，所述反向引物的浓度为18-22μM；

其中，所述正向引物的5’端通过荧光染料进行FAM和/或HEX标记。

可选地，步骤S2中，所述PCR扩增反应的反应程序包括：94℃ 5min，94℃ 30s，60℃40s，72℃ 50s，10个循环；94℃ 30s，53℃ 40s，72℃ 50s，27个循环；72℃ 10min。