[发明专利]一种检测EGFRvIII突变的探针组及方法

说明书

本发明提供了一种检测EGFRvIII突变的探针组及方法，属于生物技术领域。本发明实施例提供一种检测EGFRvIII突变的探针组，探针组的序列如序列表中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：80所示。本发明实施例提供了一种检测EGFRvIII突变的方法，包括：设计探针组，设计探针组的方法包括：设计区域包括表皮生长因子受体的1号内含子区域以及7号内含子区域。该探针组对EGFR的1号和7号内含子区进行了设计，该设计方式覆盖了EGFRvIII的所有断点，能够检测到所有类型的EGFRvIII突变；与传统探针组相比，具有更低的检测下限，可以更灵敏地检出EGFRvIII突变。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，更具体地，涉及检测EGFRvIII突变的探针组及方法。

背景技术

脑胶质瘤是神经系统最常见的原发性恶性肿瘤，表皮生长因子受体(EGFR)是脑胶质瘤中最常发生突变的基因之一。在约50％的胶质瘤患者中可以发现EGFR的扩增，且常常与表皮生长因子III型突变(EGFRvIII)伴随发生。EGFRvIII是一种结构变异，是指EGFR基因的2-7号外显子发生缺失。该变异是胶质瘤中常见的肿瘤特异性变异，因此是靶向治疗中的一个很好的靶点。

在EGFRvIII结构变异中，断点大多发生在基因的内含子区，且断点位置不固定。传统的基因检测手段大多只针对外显子区设计探针进行检测，不满足EGFRvIII的检测需求，只能捕获外显子附近的部分内含子区域，很容易造成EGFRvIII漏检，且只有当EGFRvIII的丰度达到一定值时方可检出。因此，亟需一种能够提高EGFRvIII检出率和灵敏度的探针组及检测方法确保EGFRvIII被准确灵敏地检出。

发明内容

为了解决上述技术问题，本发明提供了一种检测EGFRvIII突变的探针组及方法，该方法能够提高EGFRvIII的检出率和灵敏度。

一方面，本发明实施例提供一种检测EGFRvIII突变的探针组，所述探针组的序列如序列表中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：80所示。

另一方面，本发明实施例提供了一种检测EGFRvIII突变的方法，包括：设计探针组，设计所述探针组的方法包括：设计区域包括表皮生长因子受体的1号内含子区域以及7号内含子区域。

具体地，所述方法还包括：

提取待测样本的基因组DNA，得到基因组DNA；

将所述基因组DNA利用如权利要求1所述的探针组制备文库，获得文库；

对所述文库进行测序，得到原始测序数据；

分析所述原始测序数据，判断是否为EGFRvIII突变。

具体地，采用基因组DNA提取试剂盒提取所述待测样本的基因组DNA。

具体地，所述分析所述原始测序数据包括：过滤所述原始测序数据，得到过滤后的数据，将所述过滤后的数据与参考基因组进行比对，并去除重复序列，得到去重后的数据；

对所述去重后的数据的INDEL所在区域与人类已知的INDEL所在区域进行重新比对，并进行结构变异检测，得到检测结果，根据所述检测结果判断是否为EGFRvIII突变。

进一步地，所述参考基因组为人类参考基因组hg19。

具体地，所述测序包括通过测序平台进行测序，得到待测样本的原始下机数据。

进一步地，所述测序平台为Illumina Novaseq 6000高通量测序平台。

进一步地，所述突变检测的方法包括：使用Lumpy进行SV检测，随后用SVTyper进行基因型确定，最终利用snpEff进行基因注释。