[发明专利]一种用于检测多环境下小麦粒重和粒宽的KASP分子标记及应用

说明书

本发明公开了一种用于检测多环境下小麦粒重和粒宽的KASP分子标记及应用。本发明属于生物技术领域，具体涉及一种用于检测多环境下小麦粒重和粒宽的KASP分子标记及应用。包括检测待测小麦基因组中SNP位点的多态性或基因型，根据基因型鉴定或辅助鉴定小麦粒重和粒宽，此SNP为小麦4A染色体上的一个位点，其核苷酸种类为C或T，为序列表中序列1的第143位核苷酸。本发明可用于预测小麦粒重和粒宽，进行小麦育种。可将检测所述SNP位点多态性和基因型的物质与其他物质(如检测其他与小麦粒重和粒宽相关的分子标记的单核苷酸多态性或基因型的物质)联合在一起制备鉴定小麦高粒重、粒宽产品。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种用于检测多环境下小麦粒重和粒宽的KASP分子标记及应用。

背景技术

小麦(Triticum aestivum L.)是世界上种植范围最广泛的作物，为人类提供约19％的能量。然而，由于自然环境和人类活动的影响，全球气候变化加剧，灾害气候频发，对小麦生产带来了严峻的挑战。因此，提高多环境下小麦产量对于保障全球粮食和营养安全具有十分重要的战略意义。

小麦籽粒的重量直接决定了小麦产量的高低，而小麦粒重主要由粒长、粒宽、粒厚等因素决定。因此，挖掘小麦粒重、粒长和粒宽相关基因位点，并开发与其紧密连锁的高通量分子标记对于快速挖掘高产小麦新种质资源，培育高产小麦新品种具有重要意义。

分子标记辅助选择是基于作物的基因型，直接进行选择的技术，具有不受外界环境因素干扰的优点，在育种实践中被广泛地使用。传统使用的分子标记主要有RFLP、AFLP、DArT和SSR等，具有检测周期长、检测过程繁琐和检测成本过高等缺点，不利于进行大规模的种质材料筛选。KASP技术通过在引物末端加入不同的荧光集团，基于PCR终端荧光信号的读取判断，达到对不同等位基因进行鉴定的目的，具有检测过程高效，检测成本低廉，检测方式方便的优点，可以极大地加快分子标记辅助选择的进程，在作物遗传改良与定向分子设计育种中有着广阔的应用前景。因此，开发用于鉴定小麦多环境下增加粒重和粒宽的KASP标记，将为培育高产、稳产和抗逆小麦品种提供有效的检测手段。

发明内容

本发明所要解决的问题是如何高通量鉴定或辅助鉴定小麦粒重和/或粒宽。

为了解决以上技术问题，本发明首先提供了鉴定或辅助鉴定小麦粒重和/或粒宽的方法，包括检测待测小麦基因组中SNP的基因型，根据所述基因型鉴定或辅助鉴定小麦粒重和/或粒宽，所述SNP为小麦4A染色体上的一个位点，其核苷酸种类为C或T，为序列表中序列1的第143位核苷酸。

所述基因型为CC或TT，所述CC是所述SNP的核苷酸为C的纯合型，所述TT是所述SNP的核苷酸为T的纯合型。

以小麦品种中国春基因组(IWGSC_RefSeq_v1.0，http://202.194.139.32/jbrowse-1.12.3-release/)序列为参考基因组，所述SNP为小麦4A染色体633,308,367bp(芯片位点AX-109375057)(具体为序列表中序列1第143位)。

作为一种实施方案，所述鉴定或辅助鉴定小麦粒重和/或粒宽的方法可包括如下步骤：

(1)以待测小麦的基因组DNA为模板，采用引物组合物进行KASP标记检测；所述引物组合物由引物A、引物B和引物C组成；

所述引物A为核苷酸序列是序列表中序列2的单链DNA分子；

所述引物B为核苷酸序列是序列表中序列3的单链DNA分子；

所述引物C为核苷酸序列是序列表中序列4的单链DNA分子；

(2)完成步骤(1)后，进行荧光检测，确定待测小麦的所述SNP的基因型；