[发明专利]与美洲南瓜侧枝多少相关基因紧密连锁的分子标记及应用

说明书

本发明公开了一种与美洲南瓜侧枝数目相关基因紧密连锁的分子标记及应用。利用标记开发和基因定位技术，首次对侧枝数量性状进行了定位与分析，获得了一个与侧枝数量性状紧密连锁的、具有多态性的、稳定可靠的In‑Del分子标记即Indel415和Indel555。本发明中的分子标记可用于CpeLB2.1(Cucurbita pepo lateral branch)基因的克隆和功能分析，同时可用于自然群体和不同侧枝数量的杂交群体后代进行分子标记的辅助选择。该方法简单，快速，准确，有利于简约株型种质的筛选和利用，不但加速育种进程，而且提高育种效率。

技术领域

本发明属于分子标记技术领域，具体涉及与美洲南瓜侧枝数量相关基因紧密连锁的分子标记及应用。

技术背景

育种技术快速发展，以基因编辑技术为代表的第五代育种技术即将应用于生产。基因编辑必须以调控关键性状的基因为靶点，是实现基因功能和育种的定向选育的基础。因此，重点候选基因和其功能的确定，具有至关重要的作用。育种过程中的目的性状选择很大程度上也依赖于基因型和表型，传统的育种技术通过表型鉴定，不仅周期长，而且受环境影响，而分子标记辅助选择技术，具有准确、快速、高效等特点，在越来越多的作物中得到广泛的应用。以图位克隆为基础的紧密连锁分子标记的开发和应用，是当今育种领域的热点和主要竞争领域。

南瓜是世界上普遍栽培的蔬菜之一，其中亚洲栽培面积最大。中国是全世界南瓜栽培面积最大和产量最高的国家之一。近些年，随着国家经济的快速发展，南瓜这种以安全、绿色和健康为代表作物的重要园艺产品在生产上备受推崇。这也加快了传统品种的更新换代速度，因此，分子标记的开发和辅助选择育种也在南瓜属逐渐展开，但整体上进度缓慢，且严重缺乏大量可靠的分子标记。

葫芦科作物具有长蔓结果的特性，而今为了适应现代化的高效种植和采收模式，中短蔓结果，少或无侧枝的种质是重要的育种方向，其目的在于减少整枝和打杈等工序造成的成本。在西瓜、甜瓜和黄瓜等葫芦科作物中，相继报道了少侧枝或无侧枝等相关的紧密连锁标记和图位克隆基因，但美洲南瓜(Cucurbita pepｏ)的育种起步晚，标记开发与定位等报道非常有限，且至今未见侧枝等相关性状的报道。因此，进行美洲南瓜侧枝数量相关紧密连锁标记的开发适合于简约化栽培的要求，且对于构建辅助选择育种体系、种质资源的改良、新品种选育等具有重要的意义。

发明内容

本发明的目的之一在于提供两对与美洲南瓜侧枝数量相关基因紧密连锁的分子标记。

本发明的目的之二在于提供上述与美洲南瓜侧枝数量相关基因紧密连锁的分子标记的应用。

为实现上述目的，本发明采取如下技术方案：

本发明公开了两对与美洲南瓜侧枝数量相关基因紧密连锁的分子标记，位于美洲南瓜第2号染色体上，所述分子标记为Indel415和Indel555。

扩增与美洲南瓜侧枝数量相关基因紧密连锁的分子标记引物对，所述分子标记Indel415对应的引物对序列为：

Indel415-F：AAGCTTCACCACTTTGAGACA(SEQ ID NO.1)；

Indel415-R：TGACTCGAACAACCTGAATCA(SEQ ID NO.2)；

所述分子标记Indel555对应的引物对序列为：

Indel555-F：AGCTTCATGTTTATGCCCAGT(SEQ ID NO.3)；

Indel555-R：ACGTCCAATTGTTAGTGCGT(SEQ ID NO.4)。