[发明专利]一种小麦条锈菌基因组SNP位点组合在小麦条锈菌基因分型中的应用

说明书

本发明涉及一种小麦条锈菌基因组SNP位点组合在小麦条锈菌基因分型中的应用，所述小麦条锈菌基因组SNP位点组合包括9365个SNP位点，所述9365个SNP位点的物理位置是基于小麦条锈菌参考基因组Pst_104E_v13_all_ctg比对确定的；所述9365个SNP位点的物理位置信息见表1。本发明能够高效、便捷、精准、高覆盖率，且经济、快速的进行小麦条锈菌基因分型检测。

技术领域

本发明属于小麦条锈菌技术领域，具体涉及一种小麦条锈菌基因组SNP位点组合在小麦条锈菌基因分型中的应用。

背景技术

小麦条锈病是由小麦条锈菌引起的一种对小麦生产具有毁灭性危害的气传真菌病害，该病害流行年份可导致小麦减产30％以上，严重威胁小麦的安全生产。其有效防控是长期的国际难题，引起世界有关国家及其国际组织的广泛关注。中国政府对小麦条锈病的研究和防治工作历来十分重视。由于小麦条锈菌的频繁变异，导致其生理小种展现出多样性。然而，基于小麦条锈菌的毒性反应型研究条锈菌具有极大的局限性，因此通过基于DNA水平的分子标记研究手段是一个新的途径。

目前，虽然分子标记技术已大量应用于小麦条锈菌的群体遗传学中，但前人的研究使用的分子标记手段多数局限于数十个分子标记，不能捕获小麦条锈菌基因组的丰富变异。另外，使用不同的分子标记技术，可能会出现不同的实验结果，从而导致虽已对小麦条锈菌群体流行做了颇多的研究，但研究结果存在相悖的现象。

因此，开发一种小麦条锈菌基因组SNP位点组合，能够高效、便捷、精准、高覆盖率，且经济快速地应用于小麦条锈菌基因分型检测中，对小麦条锈菌的群体遗传学研究意义重大。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术中的缺陷，提供了一种小麦条锈菌基因组SNP位点组合在小麦条锈菌基因分型中的应用，其能够高效、便捷、精准、高覆盖率，且经济、快速的进行小麦条锈菌基因分型检测。

为实现上述目的，本发明所采取的技术方案如下：

一种小麦条锈菌基因组SNP位点组合在小麦条锈菌基因分型中的应用，所述小麦条锈菌基因组SNP位点组合包括9365个SNP位点，所述9365个SNP位点的物理位置是基于小麦条锈菌参考基因组Pst_104E_v13_all_ctg比对确定的；所述小麦条锈菌参考基因组Pst_104E_v13_all_ctg的版本号为V13；

所述9365个SNP位点的物理位置信息见表1，其中，SNP位点的物理位置信息以“染色体编号:物理位置”的方式表示；染色体编号中，p为pcontig的简写，h为hcontig的简写。

表1