[发明专利]一种利用KIT基因下游区域拷贝数变异遗传标记鉴定白牦牛品种的方法

说明书

本发明公开了一种利用KIT基因下游区域拷贝数变异遗传标记鉴定白牦牛品种的方法。依据对纯白毛色性状牦牛及其他非纯白毛色性状牦牛进行全基因组拷贝数变异分析所发现的KIT基因下游的候选基因组区域，对白牦牛实现品种鉴定。本发明通过检测牦牛个体候选基因组区域内发生重复突变的情况，可以在DNA水平上对牦牛毛色性状进行鉴定，从而快速建立遗传资源优良的牦牛种群。

技术领域

本发明涉及牦牛(Bos grunniens)引种和育种中的分子标记辅助鉴别，具体涉及在DNA水平上检测与牦牛毛色性状密切相关的拷贝数变异遗传标记(CNV标记)，以及利用CNV标记区分白牦牛(即纯白毛色性状牦牛)与其他牦牛品种。

背景技术

拷贝数变异(CNV，copy number variation)是一种涉及1kb或更长的DNA片段的拷贝数变化。与参考基因组相比，CNV区域的拷贝数可能在不同品种之间存在差异，并且这种差异是可以遗传的。拷贝数变异在真核生物的染色体中影响相当数量碱基对的重复或者缺失事件，表现为某片段在染色体上连续的重复排列或者丢失，拷贝数变异发生的位点并不局限于功能基因，也存在于无意义的基因间区和ncRNA等区域。

在哺乳动物群体中，拷贝数变异与部分性状有着很强的关联。CNV对性状产生影响的可能机制有剂量效应、基因断裂、基因融合和位置效应等。就剂量效应来说，大多数常染色体基因存在来自于父母亲本的各一个拷贝，这种正常的基因拷贝剂量在发生改变后会显著影响到定量或定性的表型特征。

KIT基因是受体酪氨酸激酶蛋白家族中的一员，其产物刺激的信号通路控制许多重要的细胞过程，如细胞生长和增殖、存活和迁移。KIT蛋白信号对生殖细胞、造血干细胞、白细胞、称为Cajal间质细胞的胃肠道细胞(ICC)和产生黑色素的黑素细胞的发育和功能的影响已得到一定的研究，KIT基因的不同基因型可以通过调控黑色素的数量、分布而影响哺乳动物整体的毛色性状，以及维持眼睛和皮肤的颜色。

牛按照被毛的毛色主要分为黑色、金色、棕色、白色等种类。白牦牛因其具有的纯白毛色性状而具有较高的选育和经济价值，且具有很高的遗传潜力，可作为优质的种质资源。尽管中国专利CN114717334A公开了KIT基因为瘤牛毛色的主效基因，但目前还未见到牦牛纯白毛色相关基因及其变异的研究报道，主要的技术难点在于：被毛以白色为主的牦牛种群数量少，而且除了纯白毛色，根据底色和纯白颜色的不同，还存在组合形成的底色为白色并掺杂其他颜色的非纯白毛色。另外，毛色性状可能受到来自不止一个基因和各类不同基因变异的影响，情况复杂、分析难度较高，例如中国专利CN113755609A还公开用于鉴定金丝牦牛的MC1R基因单核苷酸遗传标记。目前亟待开发能够准确将白牦牛区别于其他牦牛品种的方法，从而提高后续遗传育种的效率。

发明内容

本发明的目的在于提供一种利用KIT基因下游区域拷贝数变异遗传标记鉴定白牦牛品种的方法。

为达到上述目的，本发明采用了以下技术方案：

一种利用拷贝数变异遗传标记鉴定白牦牛品种的方法，该鉴定白牦牛品种的方法包括以下步骤：

对牦牛个体候选基因组区域内的拷贝数变异进行检测，若检测到重复突变，则判断牦牛个体属于纯白毛色性状牦牛(即白牦牛)，所述候选基因组区域位于牦牛参考基因组第6号染色体51965932-52107853bp，并且所述候选基因组区域位于KIT基因(52275994-52171265bp)下游，牦牛参考基因组为BosGru3.0(NCBI版本号为GCA_005887515.3)。

优选的，所述鉴定白牦牛品种的方法具体包括以下步骤：对牦牛个体进行基因组测序，然后计算所述候选基因组区域的覆盖深度，若所述候选基因组区域的覆盖深度表征了牦牛个体为重复拷贝数类型，且具有高于正常拷贝数类型的重复拷贝数类型的覆盖深度所对应的拷贝数≥8的拷贝数变异区域，则将牦牛个体的品种确定为纯白毛色性状牦牛。

优选的，所述重复拷贝数类型的拷贝数为8个拷贝或12个拷贝。