[发明专利]一种利用KIT基因下游区域拷贝数变异遗传标记鉴定白牦牛品种的方法在审
| 申请号: | 202211627674.5 | 申请日: | 2022-12-16 |
| 公开(公告)号: | CN115820880A | 公开(公告)日: | 2023-03-21 |
| 发明(设计)人: | 陈宁博;雷初朝;张俸伟;陈嘉磊;夏小婷;乐祥鹏;李开辉 | 申请(专利权)人: | 西北农林科技大学 |
| 主分类号: | C12Q1/6888 | 分类号: | C12Q1/6888 |
| 代理公司: | 西安通大专利代理有限责任公司 61200 | 代理人: | 范巍 |
| 地址: | 712100 陕*** | 国省代码: | 陕西;61 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 一种 利用 kit 基因 下游 区域 拷贝 变异 遗传 标记 鉴定 牦牛 品种 方法 | ||
1.一种利用拷贝数变异遗传标记鉴定白牦牛品种的方法,其特征在于:该鉴定白牦牛品种的方法包括以下步骤:
对牦牛个体KIT基因下游候选基因组区域内的拷贝数变异进行检测,若检测到重复突变,则判断牦牛个体属于纯白毛色性状牦牛,所述候选基因组区域位于牦牛参考基因组第6号染色体51965932-52107853bp,牦牛参考基因组为BosGru3.0。
2.根据权利要求1所述一种利用拷贝数变异遗传标记鉴定白牦牛品种的方法,其特征在于:所述鉴定白牦牛品种的方法具体包括以下步骤:对牦牛个体进行基因组测序,然后计算所述候选基因组区域的覆盖深度,若所述候选基因组区域的覆盖深度表征了牦牛个体为重复拷贝数类型,且具有拷贝数≥8的拷贝数变异区域,则将牦牛个体的品种确定为纯白毛色性状牦牛。
3.根据权利要求2所述一种利用拷贝数变异遗传标记鉴定白牦牛品种的方法,其特征在于:所述重复拷贝数类型的拷贝数为8个拷贝或12个拷贝。
4.根据权利要求2所述一种利用拷贝数变异遗传标记鉴定纯白性状牦牛品种的方法,其特征在于:非纯白毛色性状牦牛为拷贝数8的牦牛个体。
5.一种拷贝数变异遗传标记或拷贝数变异遗传标记检测方法在牦牛毛色性状分子标记辅助选择育种、牦牛品种鉴定中的应用,其特征在于:所述遗传标记为牦牛参考基因组第6号染色体51965932-52107853bp内的重复突变,牦牛参考基因组为BosGru3.0。
6.根据权利要求5所述的应用,其特征在于:牦牛个体为重复拷贝数类型,且具有拷贝数≥8的拷贝数变异区域,则将该牦牛个体的品种确定为纯白毛色性状牦牛。
7.一种利用拷贝数变异遗传标记鉴定白牦牛品种的试剂盒,其特征在于:该试剂盒包括用于检测牦牛参考基因组第6号染色体51965932-52107853bp内的拷贝数变异的试剂,牦牛参考基因组为BosGru3.0。
8.根据权利要求7所述一种利用拷贝数变异遗传标记鉴定白牦牛品种的试剂盒,其特征在于:牦牛个体为重复拷贝数类型,且具有拷贝数≥8的拷贝数变异区域,则将该牦牛个体的品种确定为纯白毛色性状牦牛。
9.一种利用拷贝数变异遗传标记鉴定白牦牛品种的系统,其特征在于:该系统包括测序模块、数据分割模块、数据计算模块及分型模块;
所述测序模块用于读取或检测牦牛个体的基因组数据;
所述数据分割模块用于提取基因组数据中位于牦牛参考基因组第6号染色体51965932-52107853bp之间的候选基因组区域,牦牛参考基因组为BosGru3.0;
所述数据计算模块用于利用提取的基因组数据计算候选基因组区域的覆盖深度;
所述分型模块用于根据覆盖深度对牦牛个体候选基因组区域内的拷贝数变异进行检测,若检测到重复突变,则判断牦牛个体属于纯白毛色性状牦牛。
10.根据权利要求9所述一种利用拷贝数变异遗传标记鉴定白牦牛品种的系统,其特征在于:纯白毛色性状牦牛为具有拷贝数≥8的拷贝数变异区域的牦牛个体。
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