[发明专利]用于肺癌早筛的特异性甲基化引物及筛查方法在审

专利信息
申请号: 202211596312.4 申请日: 2022-12-12
公开(公告)号: CN116287236A 公开(公告)日: 2023-06-23
发明(设计)人: 王冬冬;牛孝亮;蔡丽丽;张腾龙 申请(专利权)人: 南京求臻基因科技有限公司
主分类号: C12Q1/6886 分类号: C12Q1/6886;C12N15/11;C12Q1/686
代理公司: 重庆百润洪知识产权代理有限公司 50219 代理人: 陈付玉
地址: 210000 江苏省南京市江北*** 国省代码: 江苏;32
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摘要:
搜索关键词: 用于 肺癌 特异性 甲基化 引物 方法
【权利要求书】:

1.用于肺癌早筛的特异性甲基化引物,其特征在于:包括与肺癌人群早期甲基化位点相关的2对靶标特异引物、2个特异性引物探针;其中所述2对靶标特异引物的序列如下:

Seq ID NO.1:F-TAACCCGACTTAAACGACGA,

Seq ID NO.2:R-GTTTTTTGGATAGTTAGGTAAT;

Seq ID NO.3:F-TGGGTATTGTAGTCGCGAGTTATC,

Seq ID NO.4:R-CTACGTAAACAAACGATTAACG;

所述特异性引物探针序列如下:

Seq ID NO.5:FAM-CTCGTACGACCCCGATCG-BHQ1;

Seq ID NO.6:

TEXAS RED-CAATCTATACGTCCAACGTACTCTTTTACGCGCTA-BHQ2。

2.根据权利要求1所述的用于肺癌早筛的特异性甲基化引物,其特征在于:还包括对应的内参引物、内参引物探针;其中,所述内参引物的序列如下:

Seq ID NO.7:F-GTGATGGAGGAGGTTTAGTAAGTT,

Seq ID NO.8:R-CCAATAAAACCTACTCCTCCCTTAA;

内参引物探针序列如下:

SEQ ID NO.9:JOE-ACCACCACCCAACACACAATAACAAACACA-BHQ1。

3.肺癌早期筛查方法,其特征在于包括以下步骤:

S1.提取血浆中游离的cfDNA;

S2.将cfDNA进行亚硫酸盐转化成BisDNA;

S3.将权利要求2的引物混合物与PCR预混液混合配制成PCR反应体系;

S4.将步骤S2制得的BisDNA加入S3制得的PCR反应体系,进行多重PCR扩增反应;

S5.评估肺癌风险。

4.根据权利要求3所述的筛查方法,其特征在于所述S1具体为:采用MagMax Cell FreeDNAIsolation K试剂盒提取血液中的cfDNA。

5.根据权利要求3所述的筛查方法,其特征在于所述S2具体为:采用EZDNAMethylation-Lightning Kit对DNA样本进行亚硫酸盐转化。

6.根据权利要求3所述的筛查方法,其特征在于所述S3中,引物混合物与PCR预混液的体积比为1:3。

7.根据权利要求3所述的筛查方法,其特征在于所述S4的扩增反应程序为:95℃/15min,62℃/5s,1个循环;56℃/45s,95℃/10s,40个循环;40℃/5s,1个循环。

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