[发明专利]用于肺癌早筛的特异性甲基化引物及筛查方法在审
| 申请号: | 202211596312.4 | 申请日: | 2022-12-12 |
| 公开(公告)号: | CN116287236A | 公开(公告)日: | 2023-06-23 |
| 发明(设计)人: | 王冬冬;牛孝亮;蔡丽丽;张腾龙 | 申请(专利权)人: | 南京求臻基因科技有限公司 |
| 主分类号: | C12Q1/6886 | 分类号: | C12Q1/6886;C12N15/11;C12Q1/686 |
| 代理公司: | 重庆百润洪知识产权代理有限公司 50219 | 代理人: | 陈付玉 |
| 地址: | 210000 江苏省南京市江北*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 用于 肺癌 特异性 甲基化 引物 方法 | ||
1.用于肺癌早筛的特异性甲基化引物,其特征在于:包括与肺癌人群早期甲基化位点相关的2对靶标特异引物、2个特异性引物探针;其中所述2对靶标特异引物的序列如下:
Seq ID NO.1:F-TAACCCGACTTAAACGACGA,
Seq ID NO.2:R-GTTTTTTGGATAGTTAGGTAAT;
Seq ID NO.3:F-TGGGTATTGTAGTCGCGAGTTATC,
Seq ID NO.4:R-CTACGTAAACAAACGATTAACG;
所述特异性引物探针序列如下:
Seq ID NO.5:FAM-CTCGTACGACCCCGATCG-BHQ1;
Seq ID NO.6:
TEXAS RED-CAATCTATACGTCCAACGTACTCTTTTACGCGCTA-BHQ2。
2.根据权利要求1所述的用于肺癌早筛的特异性甲基化引物,其特征在于:还包括对应的内参引物、内参引物探针;其中,所述内参引物的序列如下:
Seq ID NO.7:F-GTGATGGAGGAGGTTTAGTAAGTT,
Seq ID NO.8:R-CCAATAAAACCTACTCCTCCCTTAA;
内参引物探针序列如下:
SEQ ID NO.9:JOE-ACCACCACCCAACACACAATAACAAACACA-BHQ1。
3.肺癌早期筛查方法,其特征在于包括以下步骤:
S1.提取血浆中游离的cfDNA;
S2.将cfDNA进行亚硫酸盐转化成BisDNA;
S3.将权利要求2的引物混合物与PCR预混液混合配制成PCR反应体系;
S4.将步骤S2制得的BisDNA加入S3制得的PCR反应体系,进行多重PCR扩增反应;
S5.评估肺癌风险。
4.根据权利要求3所述的筛查方法,其特征在于所述S1具体为:采用MagMax Cell FreeDNAIsolation K试剂盒提取血液中的cfDNA。
5.根据权利要求3所述的筛查方法,其特征在于所述S2具体为:采用EZDNAMethylation-Lightning Kit对DNA样本进行亚硫酸盐转化。
6.根据权利要求3所述的筛查方法,其特征在于所述S3中,引物混合物与PCR预混液的体积比为1:3。
7.根据权利要求3所述的筛查方法,其特征在于所述S4的扩增反应程序为:95℃/15min,62℃/5s,1个循环;56℃/45s,95℃/10s,40个循环;40℃/5s,1个循环。
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