[发明专利]荧光定量PCR检测BCC的引物探针及其设计方法和试剂盒

说明书

本发明公开了一种荧光定量PCR检测BCC的引物探针及其设计方法和试剂盒。建立两套数据集，包括利用RUCS进行设计引物和探针的较小的数据集1（871个Bcc基因组和19183个非BCC物种基因组）和利用mfeprimer进行引物验证的较大数据集2（1127个Bcc基因组和61927个非BCC物种基因组），筛选到一套灵敏度和特异性达99.82%和100%的探针引物。同时也在实验水平完成了对引物的验证。这一快速、准确、简便的Bcc核酸鉴定试剂盒，对于在食品工业、制药工业、临床诊断中的BCC鉴定具有重要意义。

技术领域

本发明涉及针对洋葱伯克霍尔德菌群荧光定量PCR检测方法，特别是涉及洋葱伯克霍尔德菌群23个物种特异性片段的筛选和探针设计，及试剂盒应用。

背景技术

洋葱伯克霍尔德菌群（Burkholderia cepacia complex, Bcc）由伯克霍尔德菌属的23个种组成，分别为洋葱伯克霍尔德菌（ B. cepacia）、多噬（食）伯克霍尔德菌（ B. multivorans）、新洋葱伯克霍尔德菌（ B. cenocepacia）、稳定伯克霍尔德菌（ B. stabilis）、越南伯克霍尔德菌（ B. vietnamiensis）、狡猾伯克霍尔德菌（ B. dolosa）、双向伯克霍尔德菌（ B. ambifaria）、花园伯克霍尔德菌（ B. anthina）、砒咯伯克霍尔德菌（ B. pyrrocinia）、隐蔽伯克霍尔德菌（ B. latens）、广布伯克霍尔德菌（ B. diffusa）、森林伯克霍尔德菌（ B. arboris）、种子伯克霍尔德菌（ B. seminalis）、金属伯克霍尔德菌（ B. metallica）、乌汶伯克霍尔德菌（ B. ubonensis）、污染伯克霍尔德菌（ B. contaminans）、普通伯克霍尔德菌（ B. lata）、湖水伯克霍尔德菌（ B. stagnalis）、领土伯克霍尔德菌（ B. territorri）、假多伯克霍尔德菌（ B. pseudomultivorans）、纯水伯克霍尔德菌（ B. puraquae）、沼泽伯克霍尔德菌（ B. paludis）、神秘伯克霍尔德菌（ B. aenigmatica）。BCC对特定的人群具有条件致病能力，它们可通过气溶胶颗粒、患者与感染者的直接物理接触或与污染表面的接触而发生传播，感染包括囊性纤维肿（CF）患者、长期住院免疫力低下人群等特定的人群，可引起包括菌血症、尿路感染、感染性关节炎、腹膜炎和肺炎等症状。对1998-2006的FDA的召回数据统计分析发现，22%的非无菌产品的召回是由洋葱伯克霍尔德菌复合体污染导致，在2004-2011年期间，这一比例上升到34%。BCC在非无菌药品中因微生物污染发生召回的事件中排名第一，这是由于其终端卫生控制具有挑战性。