[发明专利]28个短串联重复序列的复合扩增体系、试剂盒及应用

说明书

本发明涉及生物技术领域，涉及28个短串联重复序列的复合扩增体系、试剂盒及应用，该复合扩增体系中包括28对引物，可同时扩增28个位点，并公开了针对28个位点的引物序列。本发明通过对STR基因座的遗传多样性研究，选择的28个位点处于对应染色体的印记基因区段。这些位点具有较高的个体识别力和多态信息量高等特征，可有效、准确地对特定区域基因组STR多态性进行检测，通过与亲本检测结果对比，可对相应区段的单亲二体进行提示。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，涉及人类常染色体28个短串联重复序列复合扩增体系，该体系具体涉及利用染色体上具有多态性的遗传标记、通过聚合酶链式反应进行复合扩增的荧光检测试剂盒，该体系可以对人类特定区域基因组STR分型判断，通过与亲本检测结果对比，可对相应区段的单亲二体进行提示。

背景技术

单亲二体(Uniparental Disomy,UPD)：指两条同源染色体均遗传自一个亲代。UPD可以是染色体上的某一片段，也可以是一整条染色体。UPD是否导致临床表型发生取决于其是否存在于受遗传印记影响的染色体上，或是否导致相关隐性疾病的发生。所有染色体(而不仅仅是带有印记区域的染色体)的UPD发生率为1/2000。

UPD通常是由两次不分离事件引起的，第一个发生在减数分裂过程中，第二个发生在有丝分裂过程中。主要分为两类：单亲同二体和单亲异二体。单亲异二体:减数分裂I期的不分离是两个同源染色体不能分离，导致来自同一亲本的两个不同的同源染色体或单亲异二体的概率增加。单亲同二体:减数分裂II期的不分离是指姐妹染色单体分裂成子细胞失败，造成单亲同二体。

三体营救机制：减数分裂过程中发生突变的二体配子与正常配子受精结合形成三体合子。此后，卵裂过程中发生染色体后期迟滞将其中一条丢失，三体变成二体。丢失的是来自正常配子的那条染色体，保留在合子里的两条染色体即同二体，三体合子变成单亲二体。丢失的是来自二体配子中的其中一条，保留在合子里的两条染色体即异二体，含异二体的细胞继续分裂生成正常的细胞。异二体使胚胎正常地生长发育或显著的减少原来三体的致畸性而使胚胎存活。理论上由三体营救发生单亲二倍体的概率是1/3。

单体营救机制：缺体配子与正常配子受精结合形成单倍体合子，此后，细胞为了维持平衡，在卵裂过程中，单个染色体进行复制变成二倍体合子，即出现UPD合子后的单体挽救(比三体挽救更为罕见)将导致相同同系物的完全等位体，没有杂合子区。

UPD的检测方法，最为经典的为STR分析，STR标记物在整个基因组中非常丰富，许多具有非常高的杂合度，它反映群体中等位基因频率的差异。具有SNP探针的CMA平台也可以用于UPD的检测，在全外显子组或全基因组测序的情况下，通过分析家系的SNP分布，也可以使用算法来检测UPD。此外对于印记基因疾病，甲基化PCR和MLPA对于病因检测有一定意义，原理是分析染色体较大区域(通常是几兆碱基)内的差异甲基化区或印记中心甲基化状态。

人类基因组STR(短串联重复序列)是以几个碱基为核心单位串联重复形成的DNA遗传中较稳定存在的序列。不同种族、不同人群甚至不同个体之间的区分是通过核心单位序列和重复数的差异，这也构成了STR的遗传多态性。在基因组中,平均每15～20kb就有一个STR位点,占基因组的10％，多存在于非编码区及内含子中，重复单位为2～6bp，重复次数10～60次,片段大小在70～500bp,并按孟德尔规律呈共显性遗传。

本发明所提供检测方法可有效、准确地对特定区域基因组STR多态性进行检测，通过与亲本检测结果对比，可对相应区段的UPD进行提示。此外还具有操作简单、特异性强、灵敏度高、通量高、可靠性强和成本低的检测特点。

发明内容

本发明提供一种28个短串联重复序列的复合扩增体系及试剂盒及应用，具有六色荧光标记，灵敏度极高，在低浓度DNA为模板时可检测获得完整的基因分型图谱。本发明所采用的位点具有极高的个体识别率和多态性，通过与亲本检测结果对比，可对相应区段的UPD进行提示。