[发明专利]一种用于区分药用野生稻与栽培稻的InDel分子标记扩增引物组合及其应用

说明书

本发明涉及一种用于区分药用野生稻与栽培稻的InDel分子标记扩增引物组合及其应用，开发了72对扩增引物，其对应的72个InDel分子标记均匀分布在水稻12条染色体上，每条染色体有6个InDel分子标记。本发明可为检测药用野生稻或药用野生稻与栽培稻之间的分子多态性，以及药用野生稻中优良基因的定位或导入栽培稻后的选育提供低成本、高效率的标记资源，本发明开发InDel分子标记及其扩增引物的方法，在不经过药用野生稻和栽培稻的基因组测序情况下，能在较短时间内大量发展出区分用于检测药用野生稻与栽培稻的InDel分子标记，克服了药用野生稻中优异基因发掘利用困难的现状。

技术领域

本发明属于分子生物学及植物分子遗传育种技术领域，具体涉及一种用于区分药用野生稻与栽培稻的InDel分子标记扩增引物及其应用，以及开发其InDel分子标记和/或扩增引物的方法。

背景技术

世界上至今发现约27种野生稻，中国分布有3种，分别为普通野生稻(Oryzarufipogon Griff.)、药用野生稻(Oryza officinalis Wall.)和疣粒野生稻(Oryzameyeriana Nees.)。其中，普通野生稻的染色体组和栽培稻(Oryza sativa L.)同为AA基因组，它们之间亲缘关系较为接近，而药用野生稻(CC基因组)和疣粒野生稻(GG基因组)与栽培稻的染色体组不一样，亲缘关系相对较远。普通野生稻在我国水稻育种历程中发挥了巨大作用，并取得了显著的效果。要实现水稻育种的新突破，选用非AA基因组的野生稻是新的途径。尤其药用野生稻，具有其独特的遗传性状，如植株高大、茎秆粗壮、高光效、高抗各种病虫害、耐冷、耐贫瘠等，这些性状对于培育新型水稻具有较好的发展前景。

药用野生稻中重要基因的精细定位、图位克隆以及育种利用，都离不开大量的分子标记，尤其与目标基因紧密连锁的分子标记，然而目标基因周围已有的分子标记密度往往不能满足需要。因此，合理利用亲本之间DNA序列的多态性来发展新的分子标记，是获得与目标基因紧密连锁分子标记的重要方法。

双亲之间DNA序列的多态性是开发分子标记的基础，基于PCR的共显性分子标记是目前常用的分子标记类型。通常这类标记有简单序列重复长度多态性(simple sequencerepeat length polymorphism，SSR)、插入缺失长度多态性(insertion deletion lengthpolymorphism，InDel)和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)。这3种分子标记中，SSR分子标记密度低，一般每157kb才有一个SSR位点；SNP分子标记虽密度高，但其检测需要特殊的设备，检测成本相对比较高。而InDel分子标记具有分布广泛、密度大、变异稳定、多态性强、检测容易等优点，就分布密度而言，平均每953bp就有一个InDel位点，仅次于每268bp就有一个SNP位点，但远高于SSR分子标记位点(王钰等.水稻功能性插入缺失标记(InDel)的筛选与应用.作物杂志，2019，(4)：84-93.)，因此InDel分子标记比较适合发展为与目标基因紧密连锁的分子标记。

关于栽培稻中的InDel分子标记开发已有相关文献报道，但对于可用于药用野生稻的InDel分子标记未见报道，因此，为了高效地发掘利用药用野生稻中的有利基因，开发出能在药用野生稻中应用的InDel分子标记，尤其能区分药用野生稻和栽培稻的InDel标记及其扩增引物具有重要的实际意义。

发明内容

为解决如何能高效发掘药用野生稻中优异基因的问题，本发明提供了一种用于区分药用野生稻与栽培稻的InDel分子标记扩增引物组合及其应用。这些InDel分子标记扩增引物不仅可应用于药用野生稻中重要基因的精细定位、图位克隆，还可用于育种利用。

为解决上述技术问题，本发明的技术方案如下：