[发明专利]用于动物组织的裂解液及其在CUT&Tag中的使用方法在审
申请号: | 202210931302.5 | 申请日: | 2022-08-04 |
公开(公告)号: | CN115141876A | 公开(公告)日: | 2022-10-04 |
发明(设计)人: | 赵云霞;赵书红;李新云;付亮亮;郭亚苹;王道远;匡仁卓;胡明阳 | 申请(专利权)人: | 华中农业大学 |
主分类号: | C12Q1/6806 | 分类号: | C12Q1/6806;C40B50/06;C12Q1/6869 |
代理公司: | 深圳国联专利代理事务所(特殊普通合伙) 44465 | 代理人: | 朱婵姝 |
地址: | 430070 湖北省*** | 国省代码: | 湖北;42 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 用于 动物 组织 裂解 及其 cut tag 中的 使用方法 | ||
1.用于动物组织的裂解液,其特征在于,具体由下列重量份数的组分组成:
所述4-羟乙基哌嗪乙磺酸的pH为7.5,所述乙二胺四乙酸的pH为8.0。
2.根据权利要求1所述的用于动物组织的裂解液在CUTTag中的使用方法,其特征在于,具体包括下列步骤:
(1)称取动物组织样,DPBS重悬清洗组织样;
(2)采用对应重量份数的乙基苯基聚乙二醇或辛基苯基-聚乙烯二醇、曲拉通X-100、甘油溶液、4-羟乙基哌嗪乙磺酸、氯化钠、乙二胺四乙酸、蛋白酶抑制剂和去离子水配置的裂解液在4℃条件下,裂解动物组织样,初提细胞核,获得细胞核悬液,显微镜观察细胞核状态;
(3)采用浓度为37%的低浓度甲醛固定细胞核中DNA-蛋白质之间的互作信息:
采用37%的低浓度甲醛在室温条件下固定细胞核2分钟,2.5M甘氨酸在室温条件下,终止交联5分钟,显微镜计数,取20-30万个细胞核;
(4)制备完整细胞核:采用下面两种方法中的其中一个即可
①细胞核与经处理的ConA beads共同孵育15分钟,通过包被刀豆蛋白的Con A beads与细胞核核膜的多糖结合,形成Con A beads与细胞核复合物,镜检ConA beads与细胞核的结合效果;或②不使用Con A beads,通过低速离心的方式,沉淀细胞核;
(5)细胞核与特异性抗体在室温条件下共同孵育2小时,或4℃孵育过夜进行一抗处理;
(6)结合了一抗的细胞核与相应的特异性抗体进行二抗处理,再次在室温条件下共同孵育1小时;
(7)结合了特异性抗体的细胞核,与PA/G-Tn5转座酶共同孵育;在抗体的精准引导下,转座酶靶向切割与特异性抗体互作的基因组DNA序列,并将接头序列插入到DNA片段两端;
(8)加入SDS、EDTA失活PA/G-Tn5转座酶;加入Proteinase K,消化提取片段化的DNA;
(9)通过PCR扩增,实现微量DNA测序文库构建;
(10)测序文库片段筛选,文库浓度与片段分布检测;
(11)高通量测序,得到DNA与特定蛋白的互作信息。
3.根据权利要求2所述的用于动物组织的裂解液在CUTTag中的使用方法,其特征在于,步骤(2)所述低浓度甲醛固定细胞核中DNA-蛋白质之间的互作信息的方法为:细胞核镜检合格后,使用初始浓度为37%,终浓度为0.1%-0.2%的单分子甲醛,固定细胞核。
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