[发明专利]MMP2基因多态性作为猪产仔数性状的遗传标记及应用

说明书

本发明属于猪遗传标记筛选领域，具体涉及MMP2基因多态性作为猪产仔数性状的遗传标记及应用。从MMP2基因内含子13上克隆得到遗传标记，序列如SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：2所示。公开了猪MMP2基因内含子13上SNP位点及其SNP分型的检测方法，MMP2基因内含子13上存在一个等位基因(A/T)突变，引起BgIII‑RFLP多态性。其中：TT基因型的头胎产活仔数显著高于TA基因型；AA基因型的经产死胎数显著高于TA基因型；AA基因型的总胎次死胎数极显著高于TA基因型；AA基因型的总胎次产活仔数显著高于TA基因型，TA基因型是减少死胎数有益基因型。可用于大白猪活产仔数和死胎数性状的检测。

技术领域

本发明属于猪遗传标记筛选领域，具体涉及具体涉及MMP2基因多态性作为猪产仔数性状的遗传标记及应用。所述遗传标记从猪MMP2基因内含子13上克隆得到，本发明还包括猪MMP2基因突变位点的检测方法与关联分析。

背景技术

猪产仔数性状是母猪繁殖性状的重要指标之一，产仔数的高低决定着养殖者所能获得的生产效益。因此，在各国的猪育种工作中，提高母猪的产仔数成了一个非常重要的育种目标。母猪的产仔数是一种低遗传力性状，环境因素对其影响较大。使用传统的育种方法取得的遗传进展较慢，但是随着分子遗传标记方法的出现，这一难题得到了一定解决，目前分子遗传标记已经普遍应用到动物的育种工作中，且取得了不错的成绩。

基质金属蛋白酶2(Matrix metalloproteinase 2,MMP2)是基质金属蛋白酶家族中的成员，基质金属蛋白酶(MMPs)是一类Ca²⁺、Zn²⁺依赖性的并且能够降解细胞外基质(Extracellular matrix,ECM)的蛋白水解酶。1962年，首次报道了胶原酶(Gross J etal.Collagenolytic activity in amphibian tissues:A tissue cultureassay.Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States ofAmerica,1962,48:1014)。发展至今，MMPs家族已经鉴定出二十多个成员，分别命名为MMP-1、MMP-2、MMP-3等，按照其底物特异性主要将其分为6类：胶原酶；明胶酶；基质溶解酶；跨膜型基质金属蛋白酶或者膜型基质金属蛋白酶，以及一些未被归类的基质金属蛋白酶。基质金属蛋白酶是降解ECM的蛋白酶水解系统，而ECM周期性的降解和重塑对卵泡的成熟、排卵以及黄体的生成和退化具有重要作用，因此推断MMPs与卵泡的发育成熟相关。在大鼠卵巢中，MMP2的mRNA定位于发育中的卵泡膜和基质上，在卵巢经过hCG刺激后，MMP2的mRNA水平增加(Curry et al.Cellular localization of gelatinases and tissue inhibitorsof metalloproteinases during follicular growth,ovulation,and early lutealformation in the rat.Biology of Reproduction,2001,65:855-865)；有研究发现，MMP2在人卵巢颗粒细胞中高表达；MMP2和MMP9主要作用是降解IV型胶原，在胚胎植入过程中也发挥着重要的作用。国内外关于MMP2多态性的报道有很多，比如MMP2基因启动子区存在三个SNPs位点与子宫内膜异位相关(Saare et al.Polymorphisms in MMP-2and MMP-9promoter regions are associated with endometriosis.FertilitySterility,2010,94:1560-1563)。MMP2基因内含子1上存在一个FokI多态位点，在研究中国瘦肉猪新品系DIV猪群体时发现，该位点的多态性对经产DIV系猪的产仔数和产活仔数都有影响，其中在经产母猪产仔数上BB基因型AB基因型AA基因型(牛步月，猪繁殖性状十个候选基因的分离鉴定、遗传效应分析及功能初探.华中农业大学图书馆,2007.)。上述研究说明，MMP2基因与母猪繁殖性状有关。所以本发明通过关联分析，鉴定SNP分子标记与母猪产仔数性状的相关性，从而为进一步研究功能候选基因与猪产仔数的遗传改良奠定基础。