[发明专利]一种制备短串联重复序列分型参照物的方法

说明书

本发明公开了一种制备短串联重复序列分型参照物的方法，涉及生物医学技术领域。该方法包括以下步骤：针对目的STR基因座的核苷酸序列设计引物F1和R1；将所述F1和所述R1的3’端的碱基分别进行多个核苷酸变化后，在3’端分别附加多个碱基，分别得到F3和R3；利用所述F3和所述R3对含所述目的STR基因座的DNA进行PCR扩增后，将PCR扩增产物连接到克隆质粒上，得到重组质粒；利用所述F2和所述R2对所述重组质粒进行扩增，得到STR分型参照物。该方法工艺简单，成本低，操作难度不高，对技术人员的要求不高，易于实现，其制备得到的STR分型参照物，不会对扩增引物和模板造成污染。

技术领域

本发明涉及生物医学技术领域，特别涉及一种制备短串联重复序列分型参照物的方法。

背景技术

短串联重复序列(Short tandem repeat，STR)是由2～7个碱基作为核心序列的短串联重复结构组成，核心序列重复次数的变化构成了STR基因座的个体差异及遗传多态性。STR基因座重复序列串联排列，基因扩增片段一般在400bp以下。目前，STR是法医DNA分析中最常用的一类遗传标记。STR在整个人类基因组分布广泛，平均每10kb出现一个。多态STR序列绝大多少位于非编码区，极少数在编码区。目前在人类基因组DNA中已发现的STR序列的数量达8000多个。

STR分型标准物质是指某一STR基因座在人群中常见的STR分型参照物的混合物，STR分型参照物以DNA片段的形式存在，同一STR基因座的不同等位基因均含有对应的STR分型参照物。STR分型标准物质对于STR基因座的精确分型十分重要，能够减少不同实验室检测仪器和检测条件的不同所导致的误差，是STR基因座分型的标准。

按国内外试剂厂家传统的生产方式，都是用扩增试剂盒中相同的引物和模板来制备STR分型标准物质(属于扩增后试剂)。但这样生产得到的STR分型标准物质将可能对扩增前试剂(包括扩增引物、模板等)的生产造成严重污染。因此国家监管部门(中国安全技术防范认证中心)要求扩增前试剂和扩增后两种试剂的生产必须要在两个严格独立、互不干扰的两个厂区进行生产，两种产品的包装、运输和贮存等也要严格分开。且使用者在使用该试剂盒进行检测时，在进行加样等流程时也存在STR分型标准物质对样品造成污染的可能性，从而导致检测失败。

发明内容

本发明旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此，本发明提出一种STR分型参照物的制备方法，其制备得到的STR分型参照物不会对扩增引物和模板等扩增前试剂造成污染，能够与扩增前试剂在同一个厂区生产、包装、贮存和运输而不造成污染，大大减少了人力浪费和生产成本，且降低了使用者在检测时可能造成的试剂污染所导致的检测失败几率。

本发明还提出一种含上述STR分型参照物的STR分型标准物质。

本发明还提供一种含上述STR分型参照物的STR分型标准物质。

本发明还提供一种生物材料在制备STR分型标准物质中的应用。

本发明还提供一种STR分型产品。

本发明还提供上述STR分型标准物质或上述STR分型产品在亲缘鉴定、案件排查、个体识别以及尸源认定中的应用。

术语“短串联重复序列”是指以相对恒定的短序列为重复单位，首尾相接，串联连接形成的重复序列，又称卫星DNA(satellite DNA)。在本发明实施例中，所述“短串联重复序列”是指以含有2～7个碱基的核心序列作为重复单位，首尾相接，串联连接形成的重复序列。核心序列重复次数的变化构成了STR基因座的个体差异及遗传多态性。

术语“核苷酸交换”是指A、T、C和G之间的位置交换。由此，得到的碱基序列与变化前的碱基序列不同，且A、T、C和G的数量不发生变化。

术语“核苷酸互换”包括A与T互相交换，C与G互相交换。