[发明专利]一种西瓜全基因组SNP-Panel的开发、检测方法及育种应用

权利要求书

1.一种西瓜全基因组SNP-Panel的开发、检测方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)获取需检测的西瓜DNA样品，包括提取干种子、幼嫩茎段、叶片、幼穗老叶、发芽幼苗中的DNA；

(2)基于西瓜基因组重测序信息开发覆盖西瓜整个基因组的SNP标记56245个SNP；

(4)基于步骤(2)全基因组覆盖优化精选722个SNP；

(5)设计722个SNP标记，每个SNP位点包含两个不同碱基变异位点，用于检测该位点的等位基因变化；

(6)针对每一个SNP标记设计一对相对应的特异扩增引物；

(7)将722个SNP标记进行组合，构成一个基因Panel；

(8)使用步骤(6)中的特异引物扩增目标SNP标记位点，然后添加测序接头，完成二代测序文库的构建；

(9)质控与定量，包括采用实时荧光定量PCR和Agilent 2100；

(10)在illumina测序仪上完成PE150测序获得序列数据；

(11)通过自动化分析数据，获取所标记的各位点的基因型。

2.根据权利要求1所述的西瓜全基因组SNP-Panel的开发、检测方法，其特征在于：步骤(2)中SNP位点的物理位置是基于西瓜品种Citrullus lanatus subsp.vulgaris cv.97103的全基因组序列比对结果确定的。

3.根据权利要求1所述的西瓜全基因组SNP-Panel的开发、检测方法，其特征在于：所述西瓜品种Citrullus lanatus subsp.vulgaris cv.97103的全基因组序列的版本号为Watermelon(97103)v2。

4.根据权利要求1所述的西瓜全基因组SNP-Panel的开发、检测方法，其特征在于：步骤(4)中722个SNP标记在染色体上的分布如下：Chr01染色体71个SNPs；Chr02染色体75个SNPs；Chr03染色体65个SNPs；Chr04染色体49个SNPs；Chr05染色体76个SNPs；Chr06染色体64个SNPs；Chr07染色体65个SNPs；Chr08染色体57个SNPs；Chr09染色体76个SNPs；Chr10染色体65个SNPs；Chr11染色体59个SNPs；平均每条染色体65.66个SNPs；标记密度504.43Kb。

5.根据权利要求1所述的西瓜全基因组SNP-Panel的开发、检测方法，其特征在于：步骤(4)中722个SNP标记包括目标性状基因和一套背景选择标记。

6.根据权利要求1所述的西瓜全基因组SNP-Panel的开发、检测方法，其特征在于：步骤(6)针对每一个SNP标记设计一对相应的特殊的特异性引物，为每一个SNP标记仅对应1个正向引物和一个反向引物，且所有722个SNP的所有引物间无重复。

7.根据权利要求1所述的西瓜全基因组SNP-Panel的开发、检测方法，其特征在于：步骤(4)所述722个SNP标记可以依据育种的个性化需求自由组合、选择。

8.根据权利要求1所述的西瓜全基因组SNP-Panel的开发、检测方法，其特征在于：步骤(7)所述构成基因Panel的722个SNP序列为ID号Cla97001至Cla97722的primer。

9.根据权利要求1所述的西瓜全基因组SNP-Panel的开发、检测方法，其特征在于，所述检测的特征在于可以同时检测10000个DNA样品。

10.根据权利要求1-9任一项所述的西瓜全基因组SNP-Panel的应用，其特征在于，可用于以下任一种育种应用或育种应用组合：

(1)在西瓜育种过程中鉴定各项指标的表型中的应用；

(2)在西瓜种质资源鉴定、改良或分子标记辅助育种、全基因组关联分析、QTL分析、物种进化分析中的应用；

(3)在西瓜分子设计育种、标记辅助的主效基因选择、回交育种及其背景选择、分子辅助育种、全基因组育种、种子纯度检测、转基因成份鉴定中的应用。