[发明专利]水稻wx基因的检测引物、检测试剂盒及其应用

说明书

本发明公开了水稻wx基因的检测引物、检测试剂盒及其应用。本发明针对水稻wx基因功能区域，通过sanger双脱氧测序技术，找出糯稻和非糯稻wx基因的序列差异确定糯性等位型特异性分子标记并设计了两对核苷酸序列为SEQ ID No.1‑SEQ ID No.4所示的wx基因检测引物，通过电泳检测PCR产物的片段数量和大小，判断被检水稻样品是否含有wx基因以及含有的wx基因为杂合或纯合等位型，进而实现对wx基因的辅助选育、wx基因纯合体和杂合体的快速判断以及糯稻品种纯度的鉴定。本发明显著降低了检测成本，对于糯稻新品种的培育，核心种质的提纯复壮以及生产用种的纯度鉴定提供了技术支持。

技术领域

本发明涉及水稻wx基因的检测引物以及检测试剂盒，本发明进一步涉及所述水稻wx基因检测引物在水稻wx基因的辅助选育、wx基因纯合体和杂合体的快速判断或糯稻品种纯度的鉴定等方面的应用，属于水稻wx基因的分子标记及检测引物和应用领域。

背景技术

水稻是中国重要的粮食作物之一，全国水稻种植面积约占粮食作物面积的30％，产量接近粮食总产量的一半。糯米因其具有良好的食用品质，广泛应用于保健滋补食用、酿酒、制作糕点、冷饮和医药等方面，深受人民群众喜爱。

由于糯性属隐性性状，生产中混杂、串粉等因素极易造成糯性丧失或退化，对种性保持来说往往更是致命的。为了保证常规品种专有的特异性、一致性和稳定性，需要对品种进行提纯复壮，以保持品种的优良种性。通常的方法是株系循环法和“三年三圃”法，这两种方法的核心是选择“典型单株”或“典型单穗”，是基于经验的表型选择，存在一定的盲目性。在糯稻选育过程中，分离世代由于糯性多处于杂合状态，直链淀粉含量无法准确反应糯性性状是否纯合，需要株系稳定后，才能进行准确分析，极大增加了选育的工作量。

水稻中淀粉的合成受蜡质基因(Wx)编码结合在淀粉粒上的淀粉合成酶(granualebound starch synthase I，GBSS I)控制。Wx基因的等位变异造成了不同水稻品种中直链淀粉含量的差异。糯稻品种中直链淀粉含量一般低于2％，属于Wx基因的隐性突变(wx)。前人研究表明，目前报导的糯稻是由于Wx基因第二外显子区存在一处23bp的插入，导致Wx基因表达出现移码突变。孙华钦、田志喜等学者曾针对这一位点差异设计功能性分子标记对糯/非糯品种进行区分。但同时孙华钦等指出，由于wx基因功能区域碱基序列具有较高的GC含量，PCR反应时应选择适用于GC rich结构扩增的GC Buffer和高保真酶(LA Taq)，且需设置较高的退火温度，检测成本较高。田志喜等针对wx基因功能区域设计的标记Wx M1在PCR反应时选择了58℃的退火温度，电泳检测时出现较多杂带，结果判定难度大。

因此，针对针对水稻wx基因功能区域设计特异性强，灵敏度高，检测成本低的检测引物是亟待需要解决的技术问题。

发明内容

本发明的目的之一是提供水稻wx基因检测引物；

本发明的目的之二是提供含有所述水稻wx基因检测引物的检测试剂盒。

本发明的目的之三是将所述的水稻wx基因检测引物应用于水稻wx基因的辅助选育、wx基因纯合体和杂合体的快速判断或糯稻品种纯度的鉴定等方面。

本发明的上述目的是通过以下技术方案来实现的：

本发明首先提供了水稻wx基因检测引物，选自引物对(1)或引物对(2)中的任何一对，其中，所述引物对(1)由核苷酸序列为SEQ ID No.1所示的引物和核苷酸序列为SEQ IDNo.2所示的引物组成；所述引物对(2)由核苷酸序列为SEQ ID No.3所示的引物和核苷酸序列为SEQ ID No.4所示的引物组成。