[发明专利]一种反刍动物瘤胃微生物研究的样品处理方法

说明书

本发明涉及一种反刍动物瘤胃微生物研究的样品处理方法，包括样品的选择和样品的处理方法及流程，所述样品的选择模式一共分为四个模式，且四个模式分别为固液混合样、固液同时选择、只选固相样品和只选液相样品，所述样品的处理方法及流程分为采样时间的选择、样品的采集和样品的处理三个大步骤，且样品的处理又包括液相样品的处理和固相样品的处理。本发明的有益效果是：该反刍动物瘤胃微生物研究的样品处理方法，采用固液分离的方法进行瘤胃微生物的研究，能有效避免选择瘤胃液进行研究产生的偏差，同时更全面地筛选出目标物种，而且能在很大程度上改善利用宏基因组技术进行研究时所产生的杂基因组污染的问题。

技术领域

本发明涉及反刍动物瘤胃微生物研究技术领域，具体为一种反刍动物瘤胃微生物研究的样品处理方法。

背景技术

反刍动物区别于其他动物最显著的特征就是拥有独特的瘤胃，瘤胃是一个复杂且处于动态的生态系统，主要由厌氧细菌、厌氧真菌、原生动物、产甲烷古菌和噬菌体等微生物组成，微生物之间进行密切的相互作用，并通过向寄生宿主提供微生物蛋白质(microbial protein，MCP)、挥发性脂肪酸(volatile fatty acids，VFA)和维生素等营养物质而与宿主共生。健康的瘤胃是保证反刍动物健康、福利和维持高生产性能的基础。

目前的这种主流的瘤胃微生物研究模式存在一定的缺陷。主要表现在以下几个方面：1.选择瘤胃液进行研究，可能会导致结果的偏差。因为基于微生物培养和高通量测序的一些研究表明，瘤胃固体附着和液体漂浮的微生物可能存在差异。因此用瘤胃液进行研究可能是不全面的。2选择瘤胃食糜虽然避免了上述的问题，但目前的测序技术可能会覆盖掉一些丰度不高但有重要作用的物种。例如，密螺旋体属的细菌在固体附着样本中能够轻易检测到，并且证明对纤维降解有重要的作用。但是如果采用原始食糜可能就被覆盖掉了。3.无论是瘤胃液还是瘤胃食糜样品，在进行宏基因组测序技术进行研究时，会被来自于饲料植物的基因组污染(宿主本身的污染比较单一，可以剔除掉，但是饲料组成比较复杂，完全剔除几乎是不可能的)。

所以需要针对上述问题设计一种反刍动物瘤胃微生物研究的样品处理方法。

发明内容

本发明的目的在于提供一种反刍动物瘤胃微生物研究的样品处理方法，以解决上述背景技术中提出的问题。

为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：一种反刍动物瘤胃微生物研究的样品处理方法，包括样品的选择和样品的处理方法及流程，所述样品的选择模式一共分为四个模式，且四个模式分别为固液混合样、固液同时选择、只选固相样品和只选液相样品，所述样品的处理方法及流程分为采样时间的选择、样品的采集和样品的处理三个大步骤，且样品的处理又包括液相样品的处理和固相样品的处理。

进一步的，所述固液混合样的选择一般在进行常规的瘤胃微生物研究时，可以将处理后的固液相样品混合进行研究，优点是测序成本低，数据也较全面，缺点是可能覆盖掉偏爱定植于固相或液相体系中的低丰度微生物。

进一步的，所述固液同时选择，即同时选择固相和液相样品并分别进行测序研究，虽然成本高，数据量大，但能获得更准确全面的结果，而且能观察到试验处理对固相或液相体系特殊的影响结果。

进一步的，所述只选固相样品在进行诸如纤维素、木质素降解，或者对某一单一饲料原料的特定种群进行研究时，或通过文献资料明确目标物种存在于固相样品中时。

进一步的，所述只选液相样品在进行可溶性营养物质相关的研究，或通过文献明确目标物种存在于液相样品中时。

进一步的，所述采样时间的选择：采样时间对结果的影响该至关重要，有研究表明饲料进入瘤胃后五分钟，瘤胃微生物就开始附着于饲料表面，在采食后24小时之前固液相分离最明显，也是饲料消化的高峰期。随着消化时间的延长，饲料易消化的部分被微生物降解，最终附着于饲料上的微生物主要是一些难降解的纤维素或木质素利用物种。因此根据研究目的，合理选择样品采集时间非常重要。