[发明专利]与南瓜肌醇含量主效QTL连锁的KASP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了与南瓜肌醇含量主效QTL连锁的KASP分子标记及其应用。在本发明中，所述SNP分子标记为(1)～(2)中的至少一种，其中，(1)位于中国南瓜15号染色体上第2459706位碱基，其碱基为G或A；(2)为位于中国南瓜15号染色体上第2715672位碱基，其碱基为T或C。而针对这两个分子标记开发的KASP引物对能够快速且准确的对南瓜肌醇含量高的品种进行鉴定，有助于南瓜的分子育种改良，相比传统育种筛选，其可检测的样本量大，大大节约了成本和时间。

技术领域

本发明属于分子检测技术及南瓜遗传育种技术领域，具体涉及与南瓜肌醇含量主效QTL连锁的KASP分子标记及其应用。

背景技术

南瓜属葫芦科植物，是一种可药食两用的蔬菜。南瓜含有一些特异性的功能代谢物，如多糖、肌醇、甘露醇、生物碱、葫芦巴碱等。相关技术中，南瓜正在作为特效保健食品和功能蔬菜进行开发，而且开发前景可观。南瓜的一些成分，如多糖和肌醇，对糖尿病具有良好食疗效果。肌醇包括肌-肌醇和D-手性肌醇，它们在胰岛素作用的信号传递中起重要作用。相关技术中发现正常人血液及尿液中含有一定浓度的肌醇，而II型糖尿病人中则几乎检测不到肌醇。其中，D-手性肌醇对II型糖尿病具有更加显著疗效，而肌-肌醇除其降糖功能，也是动物重要的生长因子，是国际婴儿配方奶粉的添加物之一，同时也广泛应用于饲料、医药和化妆品等行业。

单核苷酸多态性位点(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)是新一代的分子标记，在植物的基因组中出现的频率十分高，通过基因组测序来检测SNP是一种高效的检测群体内变异情况的手段。其中，用QTL mapping的方法对数量性状进行遗传分析，鉴定相关性状的控制位点，从而可以有效确定哪些位点可以作为辅助育种的分子标记。竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive Allele Specific PCR，KASP)是对SNPs和特定位点上的InDels进行精准的双等位基因判断的方法，被广泛应用于对SNP的标记开发。

发明内容

本发明旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本发明提出一种与南瓜肌醇含量主效QTL连锁的KASP分子标记及其应用，通过该SNP分子标记能够有效检测出高肌醇含量的南瓜品种，从而为南瓜品种的选育提供有力的技术支持。

本发明的第一个方面，提供SNP分子标记，所述SNP分子标记为(1)～(2)中的至少一种：

(1)位于中国南瓜15号染色体上第2459706位碱基，其碱基为G或A；

(2)位于中国南瓜15号染色体上第2715672位碱基，其碱基为T或C；

所述SNP分子标记位于南瓜肌醇含量连锁的主效QTL位。

在本发明的一些实施方式中，所述(1)为SNP分子标记340813，所述(2)位SNP分子标记341335。上述两个SNP分子标记定位于中国南瓜15号染色体上，分别位于肌醇基因两侧。

在本发明的一些实施方式中，所述(1)位于SEQ ID NO：1所示序列自5’端起第150位碱基。

在本发明的一些实施方式中，所述(2)位于SEQ ID NO：2所示序列自5’端起第150位碱基。

本发明的第二个方面，提供本发明第一个方面所述的SNP分子标记在制备筛选不同肌醇含量的南瓜的产品中的应用。

在本发明中，发明人通过构建用于检测本发明第一个方面所述的SNP分子标记的KASP检测引物对来实现对于不同肌醇含量的南瓜品种的筛选。

本发明的第三个方面，提供用于检测本发明第一个方面所述的SNP分子标记的产品。

根据本发明的第三个方面，在本发明的一些实施方式中，所述产品包括探针、引物对、检测试剂、检测试剂盒、芯片。