[发明专利]一种水稻稻瘟病抗性基因Pita的dCAPS分子标记及应用

权利要求书

1.一种水稻稻瘟病抗性基因Pita的dCAPS分子标记，其特征在于：稻瘟病抗性基因Pita功能特异性分子标记为Pita-dCAPS；所述Pita-dCAPS分子标记利用引物对SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2从携带有稻瘟病抗性基因Pita的水稻品种的基因组DNA中扩增出来；

SEQ ID NO.1：5’-ATCACGGGTATGGATTTTTCA-3’；

SEQ ID NO.2：5’-GTGCATCTTCAACCTGACTTGATGATTGTTTGA-3’。

2.如权利要求1所述的水稻稻瘟病抗性基因Pita的dCAPS分子标记，其特征在于：所述Pita-dCAPS分子标记可以被内切酶Ecop151特异性识别。

3.如权利要求1所述的水稻稻瘟病抗性基因Pita的dCAPS分子标记，其特征在于：所述稻瘟病抗性基因Pita包括部分编码NBS-LRR类蛋白的基因片段SEQ ID NO.3；

SEQ ID NO.3：

ATCACGGGTATGGATTTTTCATTCTATTCCCAGGTTACAACTTACAAGGATTATTGAGCTTCTTTCTTTCTCTGCCGTGGCTTCTATCTTTACCTGCTATGCATCTTCAACCTGACTTGATGATTGTTTGA。

4.如权利要求1所述的水稻稻瘟病抗性基因Pita的dCAPS分子标记，其特征在于：所述携带有稻瘟病抗性基因Pita的水稻品种为水稻抗病品种福恢2663。

5.水稻稻瘟病抗性基因Pita的dCAPS分子标记的筛选方法，其特征在于：针对稻瘟病抗性基因Pita位点序列比对，筛查出Pita具有特异性的差异位点，并在差异位点处设计dCAPS分子标记。

6.如权利要求5所述的水稻稻瘟病抗性基因Pita的dCAPS分子标记的筛选方法，其特征在于，具体包括如下步骤：

S1、Pita碱基替换位点的分析：从公共数据库中下载得到的Pita及其同源的基因组序列以及测序感病品种日本晴相对应区域的基因组序列，针对Pita位点进行序列比对，筛查Pita特异的、能区别于该位点其他稻瘟病等位抗性基因的差异位点；

S2、酶切位点的确定：根据步骤S1获得的Pita基因编码区的差异位点，寻找特异的酶切位点，对应内切酶为Ecop151；

S3、引物设计：根据InDel标记的设计原理，在所述InDel差异位点处进行引物设计；

S4、选择水稻代表品种：利用上述引物对，以携带有稻瘟病抗性基因Pita的稻瘟病抗性品种的总DNA为模板，进行PCR扩增，获得含有抗性基因Pita的dCAPS分子标记的片段；

S5、酶切检测，所获得的产物即为稻瘟病抗性基因Pita基因dCAPS分子标记Pita-dCAPS。

7.水稻稻瘟病抗性基因Pita的dCAPS分子标记的应用，其特征在于：利用权利要求1至3任一项所述的水稻稻瘟病抗病基因Pita的dCAPS分子标记来鉴别水稻品种稻瘟病抗性基因。

8.如权利要求7所述的水稻稻瘟病抗性基因Pita的dCAPS分子标记的应用，其特征在于，具体包括以下步骤：

A1、扩增：利用SEQ ID NO.1所示的引物F1和SEQ ID NO.2所示的引物R1对待检测的水稻品种的基因组进行PCR；

A2、利用特异性内切酶Ecop151对含有Pita和不含有Pita的PCR产物进行酶切；

A3、检测：利用琼脂糖电泳检测，根据检测到的核苷酸片段的大小判断待检测的水稻品种是否携带稻瘟病抗性基因。