[发明专利]一种检测人类胚胎α-地中海贫血基因突变的引物组合以及方法

说明书

本发明提供了一种检测人类胚胎α‑地中海贫血基因突变的引物组合以及方法。由特异性扩增中国人群α‑地贫基因的SEA、4.2kb、3.7kb这三种最常见缺失型突变(20对)以及WS、QS、CS三个最常见点突变的引物(1对)，以及特异扩增Alpha缺失区域连锁SNP位点区域(包括α‑珠蛋白基因HBA1、HBA2基因)以及HBA基因下游1‑2Mb范围内紧密连锁的单核苷酸多态性(SNP)位点的引物组成(65对)，合计86对引物。本发明还提供了使用86对引物组合，并基于高通量测序平台进行检测的检测方法。本发明无需对目标区域进行全部扩增，同时对应区域的SNP分析可以直接判定胚胎的缺失类型。

技术领域

本发明涉及基因检测领域，特别涉及一种检测人类胚胎α-地中海贫血基因突变的引物组合以及方法。

背景技术

地中海贫血是一组严重威胁人类健康的常见遗传性人类血红蛋白疾病。血红蛋白疾病包过括珠蛋白合成障碍导致的地中海贫血(如α-和β-地中海贫血)和结构异常导致的异常血红蛋白(如HbC、HbE等病)，它们是世界上最先被鉴定的分子病。早期的一些遗传性贫血病例有许多是来自于地中海地区的移民，该组疾病遂被命名为地中海贫血(thalassemia)，简称地贫。地贫是我国南方各省最常见、危害最大的遗传病，本病的发生是由于珠蛋白基因发生缺陷，导致肽链合成减少或缺失的遗传性溶血性血红蛋白病，分为α-地中海贫血和β-地中海贫血。临床上又根据临床表现，分为轻型(地中海贫血携带者)、中间型和重型。α-地中海贫血目前在我国发现的缺失突变有17种，最常见的有SEA、4.2kb和3.7kb三种缺失型及CS、WS和QS三种点突变。目前，α-地贫还没有效的根治方法，主要以预防为主。因此，通过检测，提早发现地贫异常基因的携带者对指导婚前及产前诊断具有重要的意义。

因为α-地中海贫血是由于α-珠蛋白基因缺陷或使α-珠蛋白链的合成受到部分或完全抑制而引起的遗传性溶血性贫血，大部分α-地中海贫血是由于α-基因缺失所致，故可运用基因诊断法对α-基因进行检查。我国对地贫基因诊断始于20世纪80年代，先后经历了DNA点杂交、限制性内切酶酶谱分析、限制性片段长度多态性(RFLP)连锁分析、寡核苷酸(ASO)探针杂交和PCR体外基因扩增等5个发展阶段，特别是PCR及其相关发展技术，已成为最普遍的基因诊断方法。目前临床上针对单基因遗传病的植入前遗传学诊断技术可分为传统的PCR(聚合酶链反应)检测方法、基于SNP(单核苷酸多态性)芯片的Karyomapping技术和新一代测序--目标捕获测序。

传统PCR虽然灵敏，可以直接判断突变位点的情况，但应用于胚胎植入前遗传学诊断的时候，存在外源性污染、等位基因脱扣(ADO)、扩增失败或者优势扩增等缺点。而由于单基因遗传病的致病基因的位点都是比较罕见的，因此几乎没有致病基因位点是在SNP芯片的探针检测范围中，因而通过SNP芯片无法直接判定致病位点的基因型，而只能依靠其上下游的SNP位点信息，通过家系SNP单体型连锁分析来确定。

发明内容

为了克服了上述技术弊端，本发明提供了一种检测人类胚胎α-地中海贫血基因突变的引物组合以及方法。一种用于检测α-地中海贫血基因突变的引物组合物，其由特异性扩增中国人群α-地贫基因的SEA、4.2kb、3.7kb这三种最常见缺失型突变(20对)以及WS、QS、CS三个最常见点突变的引物(1对)，以及特异扩增Alpha缺失区域连锁SNP位点区域(包括α-珠蛋白基因HBA1、HBA2基因)以及HBA基因下游1-2Mb范围内紧密连锁的单核苷酸多态性(SNP)位点的引物组成(65对)，合计86对引物。本发明还提供了检测人类胚胎α-地中海贫血基因突变的方法，使用了上述86对引物组合，并基于高通量测序平台进行检测。

α-地中海贫血基因突变检测的多重PCR扩增引物依次为：SEA：1～86，具体引物对如下：

SNP位点信息如下：

引物条件如下：