[发明专利]水稻低温萌发基因CTG6的分子标记及其应用

说明书

本发明公开了水稻低温萌发基因CTG6的分子标记及其应用，该分子标记的正向引物序列为：TTGAAATTTGAGATGAAAAGTTGA(SEQ ID No.1所示)，反向引物序列为：CATTGGATGGCTAGCTCCTT(SEQ ID No.2所示)。利用本发明的分子标记在水稻生长早期或在苗床上对低温萌发的基因CTG6进行选择，选择效率大大提高，同时能够缩短选择周期。

技术领域

本发明属于分子生物学领域，具体涉及一种水稻低温萌发基因CTG6的分子标记及其应用。

背景技术

水稻(Oryza sativa L.)是喜温作物，起源于热带、亚热带，相较小麦、大麦等其他谷类作物，水稻对低温更加敏感。华南双季稻区早稻直播和东北高寒稻区的单季稻直播往往会遇到春季低温天气，造成种子萌发不齐，缺苗断垄，导致严重减产。这就要求用于直播的水稻种子有较强的低温萌发力。而上述稻作区一直以育秧移栽为主，导致品种的低温萌发能力长期不作为育种目标，造成品种低温萌发基因大量丢失。致使许多高产、优质的水稻品种由于低温发芽力弱而不能用作直播稻，限制了直播稻的生产。解决水稻萌发期低温冷害的根本方法就是培育耐低温的水稻品种。

在水稻生长发育过程中开展耐低温基因的挖掘及其机制研究，为确保水稻正常生长发育提供了理论基础。QTL分析已经明确多个在营养生长和生殖生长过程中耐低温的QTLs，它们分布在12条染色体上(http://qtaro.abr.affrc.go.jp)。但是目前只有少数基因被克隆。目前，精细定位的水稻低温萌发QTL非常少，主要是qLTG3-1和OsSAP16，精细定位的区间分别为4.8kb和72.3kb。

现有的改良水稻萌发期耐低温能力的基因很少，已有的改良水稻萌发期耐低温性状专利CN111304216A水稻低温萌发相关基因OsDJC58及其应用，利用热激蛋白基因OsDJC58在多个逆境中能发挥作用，在萌发期低温处理时，该基因参与了种子低温萌发过程的启动，可以提高水稻萌发期的耐冷性。然而热激蛋白对植物逆境的调控不单单是正调控，可能同时存在负调控或者是其他复杂的调控关系。存在一定的不确定性。

发明内容

本发明所要解决的技术问题为：一方面，提供一个新的水稻低温萌发基因及其分子标记，另一方面，提供了该分子标记在该基因的辅助育种中的应用。

本发明的技术方案为：水稻低温萌发基因CTG6的分子标记，该分子标记的正向引物序列为：TTGAAATTTGAGATGAAAAGTTGA(SEQ ID No.1所示)，反向引物序列为：CATTGGATGGCTAGCTCCTT(SEQ ID No.2所示)。

本发明的分子标记在水稻低温萌发基因CTG6的辅助育种中的应用。

具体地，以带有低温萌发基因CTG6的丽江新团黑谷或其衍生后代为亲本与待改良材料进行杂交，采用SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示的分子标记对杂交后代进行PCR扩增，扩增出241bp核苷酸片段的单株就是成功导入CTG6基因的材料，扩增出209bp核苷酸片段的单株为不带有CTG6基因的材料。

与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：

利用本发明的分子标记在水稻生长早期或在苗床上对低温萌发的基因CTG6进行选择，选择效率大大提高，同时能够缩短选择周期。

附图说明

图1是本发明实施例中CTG6分子标记的检测结果示意图；图中标记说明：M：分子标记标准；1：丽江新团黑谷；2：沈农265；3-10：萌发期耐冷F6代株系；11-17：萌发期不耐冷F6代株系。

具体实施方式

下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为从商业渠道购买得到的。

本发明中使用到的生物材料丽江新团黑谷和沈农265均为商品化种。