[发明专利]一种检测小麦品种纯度的SNP分子标记组合及其应用

说明书

本发明公开了一种检测小麦品种纯度的SNP分子标记组合及其应用。本发明通过筛选出一套共21个高质量和高多态性的SNP标记，可用于来源不同的小麦品种纯度的精准检测，具有广泛的应用普适性；标记为共显性标记，特异性、灵敏度和分辨力高；标记不受环境条件影响，能够使用种子或任何类型的植物组织，检测结果准确、重复性和稳定性好。

技术领域

本发明属于农业分子生物学领域，具体涉及一种检测小麦品种纯度的SNP分子标记组合及其应用。

背景技术

小麦是主要的粮食作物；小麦主要的生产来源于常规品种和杂交种。随着小麦育种技术的不断发展和小麦的大面积的推广应用，品种的纯度检测成为小麦育种研发、种子生产以及种子交易必不可少的质量保证。

现在小麦品种纯度鉴定主要依赖于传统的田间小区种植鉴定方法（Grow-outTest）。田间种植鉴定把品种种植于田间测试小区，通过观察植株不同生长时期（苗期、生长、花期、成熟期以及种子）的植物学形态特征（如植株的高矮及大小、分蘖、叶色、叶形、种子大小、种皮颜色等）和生物学特性（如植株的生育期、光周期、抗病性、抗旱性、种子落粒性等）的不同来鉴定该小麦品种的纯度。此方法取决于对植物在田间的形态特征和生物学特性的视觉识别，判断标准往往很难精确量化，主观性强，检测灵敏度和分辨力低；易受环境和栽培条件影响，准确性和稳定性差；耗时长、时效性差；需投入大量人力、物力，成本高。

DNA分子标记法是现在作物品种纯度检测最常用方法。DNA分子标记是直接反应DNA差异（多态性）的一种遗传标记，主要包括SSR（Simple Sequence Repeat, 简单重复序列）和SNP（Single Nucleotide Polymorphism，单核苷酸多态性）等。SSR目前已经成为纯度和品种真实性检测的主要方法之一，在多种作物如水稻，小麦、大豆等都有SSR的国标，目前SSR大面积使用有它的优势，包括具有实验室操作简单，成本低，重复性较好，结果真实可靠等。比较起SSR标记法，SNP标记法技术更简单，易于自动化，检测通量高，速度快；单位数据点检测成本低；不同检测实验室的数据结果可以相互比较验证，数据具有普适的可比性；是快速、简便、灵敏、准确、稳定、低成本鉴定品种纯度的最常用方法。但是目前基于SNP标记的小麦纯度检测方法鲜见报道。

发明内容

本发明旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此，本发明提出一种检测小麦纯度的SNP分子标记组合。

本发明还提出用于扩增上述SNP分子标记组合的引物组。

本发明还提出一种试剂盒。

本发明还提出一种基因芯片。

本发明还提出上述SNP分子标记组合、引物组、试剂盒和/或基因芯片的应用。

本发明还提出利用上述SNP分子标记组合进行小麦品种纯度检测的方法。

在本发明的第一方面，提出了一种检测小麦纯度的SNP分子标记组合，由以下SNP分子标记组成：

第一SNP分子标记，所述第一SNP分子标记位于小麦参考基因组第1A染色体第534265581位核苷酸，或其品种间同源基因组片段上的相应位点，该位点的核苷酸碱基为G或A；

第二SNP分子标记，所述第二SNP分子标记位于小麦参考基因组第1B染色体第643102010位核苷酸，或其品种间同源基因组片段上的相应位点，该位点的核苷酸碱基为A或C；

第三SNP分子标记，所述第三SNP分子标记位于小麦参考基因组第1D染色体第3958512位核苷酸，或其品种间同源基因组片段上的相应位点，该位点的核苷酸碱基为G或A；

第四SNP分子标记，所述第四SNP分子标记位于小麦参考基因组第2A染色体第16865489位核苷酸，或其品种间同源基因组片段上的相应位点，该位点的核苷酸碱基为C或T；