[发明专利]一种与猪肌肉pH值和瘦肉率相关的分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种与猪肌肉pH值和瘦肉率性状相关的分子标记及其应用，属于猪遗传标记制备技术领域。SNP分子标记的核苷酸如SEQ ID NO:1所示，是从猪NT5C1A基因3′UTR克隆得到的一段特异的核苷酸片段，在SEQ ID NO:1的479bp处存在一个T/C碱基突变。本发明提供了用于检测该位点的引物对，并建立了相应的检测方法，为猪肉质性状标记辅助选择提供了新的分子标记。本发明可实现对猪肌肉pH值和瘦肉率相关性状进行早期选择，且检测方法高效、准确，从而能加速猪肉质改良的进程，提高猪育种的经济效益。

技术领域

本发明涉及分子标记领域，特别是涉及一种与猪肌肉pH值和瘦肉率相关的分子标记及其应用。

背景技术

猪肉品质是猪的重要经济性状，提高猪肉品质是现代种猪选育工作的重要目标之一，同时也是满足消费者对猪肉风味、食品健康和营养需求的重要保障。

肌肉pH值是肉质性状的重要评价指标之一，屠宰后肌肉最终的pH值是衡量猪肌肉品质的重要指标，肌肉的pH值过高则容易形成DFD肉(黑干肉)，如果肌肉的pH值过低则容易形成PSE肉(白肌肉)，这两种情况都对猪肉的品质造成了巨大的影响，并且对猪肉的深加工带来了较大影响。瘦肉率是影响猪肉品质和经济效益的重要性状。然而pH值和瘦肉率的测定只能在屠宰之后，极大的限制了选育工作的发展。分子标记辅助选择(Marker-assistedselection,MAS)的出现大大加速了猪育种的进程，它是利用与特定性状相关联的分子标记作为辅助手段进行选择育种，具有快速、准确、不受环境影响等优点，不仅能大大减少育种的人力物力消耗，而且能缩短育种时限。

用于MAS的分子标记包括蛋白质标记，微卫星标记，单核苷酸多态性(singlenucleotide polymorphism，简称SNP)标记等。SNP标记指由基因组单核苷酸变异引起的DNA序列多态性，包括碱基转换、颠换、缺失或插入等。挖掘猪肉质性状相关的SNP，能有效加快猪肉质性状的改良进展，为养猪业的可持续发展将带来巨大的经济效益。

胞质5′核苷酸酶1A(cytosolic 5'-nucleotidase 1A,NT5C1A)基因，在人的骨骼肌和小鼠的胫骨前肌表达量较高(Hunsucker et al.,2001；Sala-Newby et al,1999)；抗NT5C1A自身抗体可以作为包涵体肌炎(一种肌肉疾病)的标记物(Amlani et al,2019)。迄今为止，尚无有关NT5C1A基因作为猪肌肉pH值和瘦肉率分子标记的相关报道。

发明内容

本发明的目的是提供一种与猪肌肉pH值和瘦肉率相关的分子标记及其应用，以解决上述现有技术存在的问题，为猪肌肉pH值和瘦肉率性状相关的的分子标记辅助育种提供一种新的分子标记。

为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

技术方案一：一种与猪肌肉pH值和瘦肉率相关的分子标记，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，SEQ ID NO.1所示序列的第479bp处存在一处T/C突变。

优选地，所述突变包括CC、CT和TT三种突变类型，其中，当猪个体基因型为TT型时，所述猪个体的瘦肉率和肌肉pH值均高于CC型和TC型的猪个体。

优选地，所述引物对为如SEQ ID NO：2所示的上游引物和如SEQ ID NO：3所示的下游引物。

技术方案二：一种鉴别猪肌肉pH值和瘦肉率性状的试剂盒，包括权利要求3所述的引物对。

技术方案三：一种鉴别猪肌肉pH值和瘦肉率性状的方法，包括如下步骤：

以待测猪个体的DNA为模板，利用所述的引物对进行扩增，获取扩增产物；对所述扩增产物进行测序，分析基因型以及所述基因型与瘦肉率和肌肉pH值性状的相关性，进而鉴别猪肌肉的pH值和瘦肉率。