[发明专利]使用测序选择核酸配体

说明书

本发明提供了用于从多种核酸配体候选物中选择核酸配体的方法和系统。在设置在衬底内的多个孔中的每个孔内耦合靶标。使这些孔中的每个孔与包含多种核酸配体候选物的流体接触。在这些孔中的至少一个孔内，使对该靶标具有选择性的任何核酸配体候选物与该靶标耦合。除去未与该靶标耦合的任何核酸配体候选物。在这些孔内对该除去之后剩余的任何核酸配体候选物进行测序，以鉴定对该靶标具有选择性的任何核酸配体。

相关申请的交叉引用

本申请要求于2020年12月21日提交的并且名称为“Selecting Aptamers UsingSequencing”的美国临时专利申请号63/128,669的权益，该美国临时专利申请的全部内容以引用方式并入本文。

背景技术

例如，生物样本中可存在的特定核酸序列的检测已被用作鉴定和分类微生物、诊断传染病、检测和表征遗传异常、鉴定与癌症相关联的遗传变化、研究对疾病的遗传易感性，以及测量对各种类型的治疗的反应的方法。与特定靶分子结合的核酸序列可被称为“核酸配体”，并且可以是合成的或者可来自生物样本。用于检测无论是合成的还是来自生物样本的特定核酸序列的常用技术是核酸测序。

核酸测序方法已从Maxam和Gilbert所使用的化学降解方法以及Sanger所使用的链伸长方法得到了发展。现在使用了允许在单个流动池上并行处理数百万个或者甚至数十亿个核酸的若干种测序方法。一些平台包括基于珠粒的格式和微阵列格式，其中二氧化硅珠粒用探针进行官能化，这取决于此类格式在包括测序、基因分型或基因表达谱分析在内的应用中的应用。一些测序系统(无论是用于“边合成边测序”还是用于基因分型)利用包括多个承载用于测序操作的不同试剂的不同贮存器的基板。

发明内容

本文提供的示例涉及使用测序选择核酸配体。公开了用于进行此类选择的设备和方法。

本文的一些示例提供了一种从多种核酸配体候选物中选择核酸配体的方法。该方法可包括在设置在衬底内的多个孔中的每个孔内耦合靶标。该方法可包括使这些孔中的每个孔与包含多种核酸配体候选物的流体接触。该方法可包括，在这些孔中的至少一个孔内，使对靶标具有选择性的任何核酸配体候选物与靶标耦合。该方法可包括除去未与靶标耦合的任何核酸配体候选物。该方法可包括在孔内对除去之后剩余的任何核酸配体候选物进行测序，以鉴定对靶标具有选择性的任何核酸配体。

在一些示例中，在该多个孔中的每个孔内耦合靶标包括在这些孔中的每个孔内耦合第一部分；使多个第二部分与这些靶标中的相应靶标耦合；以及在这些孔中的每个孔内使第二部分与第一部分耦合。在一些示例中，第一部分包括链霉亲和素，并且第二部分包括生物素。在一些示例中，第一部分通过捕获引物在这些孔中的每个孔内耦合。在一些示例中，在进行测序之前从捕获引物分离第一部分。

在一些示例中，衬底包括用于对除去之后剩余的核酸配体候选物进行测序的检测电路。

在一些示例中，该多个孔包括流体平行流过的流通池。

在一些示例中，对靶标具有选择性的任何核酸配体候选物具有当与靶标耦合时改变的三级结构。

在一些示例中，该方法进一步包括产生对靶标具有选择性的任何核酸配体候选物的扩增子。在一些示例中，产生对靶标具有选择性的任何核酸配体候选物的扩增子包括：从靶标解耦核酸配体候选物；以及使用聚合酶链式反应(PCR)以使用该核酸配体候选物产生扩增子。在一些示例中，PCR在与孔不同的扩增室中进行。在一些示例中，该方法进一步包括使这些孔中的每个孔与包含扩增子的流体接触；在这些孔中的每个孔内，使对靶标具有选择性的任何扩增子与靶标耦合；以及除去未与靶标耦合的任何扩增子。在一些示例中，被测序的任何核酸配体候选物包括在除去未与靶标耦合的任何扩增子之后剩余的任何扩增子。在一些示例中，该方法进一步包括产生对靶标具有选择性的任何扩增子的另外的扩增子。