[发明专利]使用测序选择核酸配体

权利要求书

1.一种从多种核酸配体候选物中选择核酸配体的方法，所述方法包括：

在设置在衬底内的多个孔中的每个孔内耦合靶标；

使所述孔中的每个孔与包含多种核酸配体候选物的流体接触；

在所述孔中的至少一个孔内，使对所述靶标具有选择性的任何核酸配体候选物与所述靶标耦合；

除去未与所述靶标耦合的任何核酸配体候选物；以及

在所述孔内对所述除去之后剩余的任何核酸配体候选物进行测序，以鉴定对所述靶标具有选择性的任何核酸配体。

2.根据权利要求1所述的方法，其中在所述多个孔中的每个孔内耦合所述靶标包括：

在所述孔中的每个孔内耦合第一部分；

使多个第二部分与所述靶标中的相应靶标耦合；以及

在所述孔中的每个孔内使所述第二部分与所述第一部分耦合。

3.根据权利要求2所述的方法，其中所述第一部分包括链霉亲和素，并且所述第二部分包括生物素。

4.根据权利要求2或权利要求3所述的方法，其中所述第一部分通过捕获引物在所述孔中的每个孔内耦合。

5.根据权利要求4所述的方法，所述方法包括在进行所述测序之前从所述捕获引物分离所述第一部分。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述衬底包括检测电路，所述检测电路用于对所述除去之后剩余的所述核酸配体候选物进行测序。

7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述多个孔包括所述流体平行流过的流通池。

8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中对所述靶标具有选择性的任何核酸配体候选物具有当与所述靶标耦合时改变的三级结构。

9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，所述方法进一步包括产生对所述靶标具有选择性的任何核酸配体候选物的扩增子。

10.根据权利要求9所述的方法，其中产生对所述靶标具有选择性的任何核酸配体候选物的扩增子包括：

从所述靶标解耦所述核酸配体候选物；以及

使用聚合酶链式反应(PCR)以使用所述核酸配体候选物产生所述扩增子。

11.根据权利要求10所述的方法，其中所述PCR在与所述孔不同的扩增室中进行。

12.根据权利要求9至11中任一项所述的方法，所述方法进一步包括：

使所述孔中的每个孔与包含所述扩增子的流体接触；

在所述孔中的每个孔内，使对所述靶标具有选择性的任何扩增子与所述靶标耦合；以及

除去未与所述靶标耦合的任何扩增子。

13.根据权利要求12所述的方法，其中被测序的任何核酸配体候选物包括在去除未与所述靶标耦合的任何扩增子之后剩余的任何扩增子。

14.根据权利要求12或权利要求13所述的方法，所述方法进一步包括产生对所述靶标具有选择性的任何扩增子的另外的扩增子。

15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法，其中对任何核酸配体候选物进行测序包括：

使所述除去之后剩余的任何核酸配体候选物与设置在所述孔内的捕获引物耦合；

在所述孔内进行扩增以产生与所述捕获引物耦合的扩增子；以及

对与所述捕获引物耦合的所述扩增子进行测序。

16.根据权利要求15所述的方法，其中所述靶标经由所述捕获引物中的相应捕获引物在所述孔内耦合。