[发明专利]奶山羊SLC7A5基因单核苷酸多态性标记在产奶性状早期选择中的应用

说明书

本发明公开了一种奶山羊SLC7A5基因单核苷酸多态性标记在产奶性状早期选择中的应用。以奶山羊全基因组DNA为模板，通过PCR扩增奶山羊SLC7A5基因部分片段，直接测序鉴定该基因突变位点g.5287GA基因型。根据与产奶性状关联分析结果，SLC7A5基因g.5287GA位点为一单核苷酸多态性位点，该位点的不同基因型与奶山羊乳蛋白率和乳糖率显著关联，可作为奶山羊分子标记辅助开展早期选择育种，快速建立羊乳品质遗传资源优良的奶山羊种群。

技术领域

本发明属于生物技术与家畜育种领域，涉及奶山羊SLC7A5基因单核苷酸多态性(SNP)的分型检测及其在分子标记辅助早期选择育种中的应用。

背景技术

在动物的遗传育种过程中，可通过分子遗传标记来提高选择效率，其中检测目标基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)是一种重要方法。SNP指基因组DNA水平上单个核苷酸碱基变异引起的DNA序列多态性，是第三代遗传标记。其主要由碱基的颠换(即嘌呤与嘧啶相互替代)或转换(即嘌呤与嘌呤、嘧啶与嘧啶相互替代)突变导致DNA序列的多态性。这种变化在分子水平上可能改变基因的功能，导致表型性状出现差异。SNP具有高遗传稳定性且在基因组中分布广、数量多，平均大约1000bp就会出现一个SNP。SNP与广泛使用的微卫星、小卫星相比，分辨率更高，定位基因也更快速、准确，并且易实现自动化。

随着低成本高通量测序技术的飞速发展，通过DNA测序技术直接获得目的片段的碱基序列，而后进行序列间比较，可以直观而有效的检测SNP位点的基因型。对于乳蛋白率、乳糖率等奶山羊配种妊娠后才能表现的性状，分子标记辅助育种技术可打破性别、年龄等条件的限制，在早期进行选育，具有明显的优势。

SLC7A5(solute carrier family 7member 5)基因位于山羊18号染色体，又称L型氨基酰转运蛋白或肿瘤相关基因1。其编码的L型-大型中性氨基酸转运蛋白1(L-typelarge neutral amino acid transporter small subunit 1,LAT1)作为钠离子非依赖性转运载体，在细胞从外界摄取支链氨基酸时会被优先使用。该转运载体凭借高亲和力结合谷氨酰胺等中性氨基酸达到转运目的，在细胞生命活动中起到重要作用。

哺乳动物在泌乳期间氨基酸转运载体不断从血液循环系统中为乳腺细胞获取参与合成乳蛋白的氨基酸。SLC7A5基因编码的LAT1是维持细胞生长和蛋白质合成所必需的氨基酸转运蛋白，有研究表明其广泛表达于多种哺乳动物乳腺组织细胞中，并在乳腺转运氨基酸方面有着重要作用。

然而，仅通过SLC7A5基因本身的生物学功能无法预测羊乳品质，难以实现优良个体的早期选择。目前，国内外也尚未见报道奶山羊SLC7A5基因的多态性研究及其与奶山羊产奶性状的遗传相关性。

发明内容

本发明的目的在于提供一种奶山羊SLC7A5基因单核苷酸多态性标记在产奶性状早期选择中的应用，以快速建立羊乳品质遗传资源优良的奶山羊种群。

为达到上述目的，本发明采用了以下技术方案：

一种奶山羊SLC7A5基因单核苷酸多态性的检测方法，包括以下步骤：

以待测奶山羊(例如萨能奶山羊个体)基因组DNA为模板，通过PCR扩增奶山羊SLC7A5基因的部分片段，然后对扩增产物直接测序，根据测序结果鉴定奶山羊SLC7A5基因单核苷酸多态性位点的基因型，所述单核苷酸多态性位点选自山羊SLC7A5基因突变位点g.5287GA。

优选的，所述PCR的扩增引物对为：

上游引物：5’-ATCCGCATAGAGCCACTT-3’

下游引物：5’-CCATCAACAGTCGTCTACC-3’。